GPAW
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Description
GPAW est un code de théorie de la fonctionnelle de la densité (DFT) Python basé sur la méthode des ondes augmentées par projecteur (PAW) et l'environnement de simulation atomique (ASE).
Créer un environnement virtuel GPAW
Nous offrons des wheels Python précompilés pour GPAW qui peuvent être installés dans un environnement virtuel Python.
1. Vérifiez quelles versions sont disponibles.
[name@server ~] avail_wheels gpaw
name version python arch
------ --------- -------- ------
gpaw 22.8.0 cp39 avx2
gpaw 22.8.0 cp38 avx2
gpaw 22.8.0 cp310 avx2
2. Chargez un module Python (ici python/3.10)
(ENV) [name@server ~] module load python/3.10
3. Créez un nouvel environnement virtuel.
[name@server ~] virtualenv --no-download venv_gpaw
created virtual environment CPython3.10.2.final.0-64 in 514ms
[...]
4. Activez l'environnement virtuel (venv).
[name@server ~] source venv_gpaw/bin/activate
5. Installez gpaw dans venv.
(venv_gpaw) [name@server ~] pip install --no-index gpaw
[...]
Successfully installed ... gpaw-22.8.0+computecanada ...
6. Téléchargez les données et installez-les dans le système de fichiers SCRATCH.
(venv_gpaw) [name@server ~] gpaw install-data $SCRATCH
Available setups and pseudopotentials
[*] https://wiki.fysik.dtu.dk/gpaw-files/gpaw-setups-0.9.20000.tar.gz
[...]
Setups installed into /scratch/name/gpaw-setups-0.9.20000.
Register this setup path in /home/name/.gpaw/rc.py? [y/n] n
As you wish.
[...]
Installation complete.
7. Configurez GPAW_SETUP_PATH pour pointer vers le répertoire des données.
(venv_gpaw) [name@server ~] export GPAW_SETUP_PATH=$SCRATCH/gpaw-setups-0.9.20000
8. Lancez les tests, qui sont très rapides.
(venv_gpaw) [name@server ~] gpaw test
------------------------------------------------------------------------------------------------------------
| python-3.10.2 /home/name/venv_gpaw/bin/python |
| gpaw-22.8.0 /home/name/venv_gpaw/lib/python3.10/site-packages/gpaw/ |
| ase-3.22.1 /home/name/venv_gpaw/lib/python3.10/site-packages/ase/ |
| numpy-1.23.0 /home/name/venv_gpaw/lib/python3.10/site-packages/numpy/ |
| scipy-1.9.3 /home/name/venv_gpaw/lib/python3.10/site-packages/scipy/ |
| libxc-5.2.3 yes |
| _gpaw /home/name/venv_gpaw/lib/python3.10/site-packages/_gpaw.cpython-310-x86_64-linux-gnu.so |
| MPI enabled yes |
| OpenMP enabled yes |
| scalapack yes |
| Elpa no |
| FFTW yes |
| libvdwxc no |
| PAW-datasets (1) /scratch/name/gpaw-setups-0.9.20000 |
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Doing a test calculation (cores: 1): ... Done
Test parallel calculation with "gpaw -P 4 test".
(venv_gpaw) [name@server ~] gpaw -P 4 test
------------------------------------------------------------------------------------------------------------
| python-3.10.2 /home/name/venv_gpaw/bin/python |
| gpaw-22.8.0 /home/name/venv_gpaw/lib/python3.10/site-packages/gpaw/ |
| ase-3.22.1 /home/name/venv_gpaw/lib/python3.10/site-packages/ase/ |
| numpy-1.23.0 /home/name/venv_gpaw/lib/python3.10/site-packages/numpy/ |
| scipy-1.9.3 /home/name/venv_gpaw/lib/python3.10/site-packages/scipy/ |
| libxc-5.2.3 yes |
| _gpaw /home/name/venv_gpaw/lib/python3.10/site-packages/_gpaw.cpython-310-x86_64-linux-gnu.so |
| MPI enabled yes |
| OpenMP enabled yes |
| scalapack yes |
| Elpa no |
| FFTW yes |
| libvdwxc no |
| PAW-datasets (1) /scratch/name/gpaw-setups-0.9.20000 |
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Doing a test calculation (cores: 4): ... Done
Les résultats du dernier test se trouvent dans le fichier test.txt qui se trouvera dans le répertoire courant.
Exemple de script
Le script suivant est un exemple de parallélisation hybride OpenMP et MPI. Ici, virtualenv se trouve dans votre répertoire $HOME et les ensembles de données sont dans $SCRATCH comme ci-dessus.
#!/bin/bash
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem-per-cpu=4000M
#SBATCH --time=0-01:00
module load gcc/9.3.0 openmpi/4.0.3
source ~/venv_gpaw/bin/activate
export OMP_NUM_THREADS="${SLURM_CPUS_PER_TASK:-1}"
export GPAW_SETUP_PATH=/scratch/$USER/gpaw-setups-0.9.20000
srun --cpus-per-task=$OMP_NUM_THREADS gpaw python my_gpaw_script.py
Le scrip utilise un nœud simple avec 8 rangs MPI (ntasks) et 4 fils OpenMP par rang MPI pour un total de 32 CPU.
Vous voudrez probablement modifier ces valeurs pour que le produit corresponde au nombre de cœurs d'un nœud entier
(soit 32 sur Graham, 40 sur Béluga et Niagara, 48 sur Cedar ou 64 sur Narval).
Le fait de configurer OMP_NUM_THREADS comme expliqué ci-dessus fait en sorte qu'il a toujours la même valeur que cpus-per-task ou 1 quand cpus-per-task n'est pas défini.
Le chargement des modules gcc/9.3.0 et openmpi/4.0.3 fait en sorte que la bonne bibliothèque MPI est utilisée pour la tâche, la même qui a été utilisée pour construire les wheels.