RDKit

RDKit est un ensemble d'applications pour la chimie computationnelle et l'apprentissage machine qui sont écrites en C++ et en Python.

Versions disponibles

Les bibliothèques C++ et les interfaces Python sont disponibles via un module.

Pour connaître les versions disponibles, utilisez

[name@server ~]$ module spider rdkit

Pour l'information sur une version particulière, utilisez

[name@server ~]$ module spider rdkit/X.Y.Z

où X.Y.Z est la version recherchée, par exemple 2024.03.5.

Interfaces (bindings) Python

Le module contient des interfaces pour plusieurs versions de Python. Pour connaître les versions disponibles, utilisez

[name@server ~]$ module spider rdkit/X.Y.Z

où X.Y.Z est la version que vous voulez.

Dépendance

Quand un autre wheel dépend de rdkit, la dépendance doit être satisfaite.

1. Désactivez tout environnement virtuel Python.

[name@server ~]$ test $VIRTUAL_ENV && deactivate

Remarque : Si un environnement virtuel est actif, il est important de le désactiver avant de charger le module. Une fois le module chargé, activez à nouveau votre environnement virtuel.

2. Chargez le module.

[name@server ~]$ module load rdkit/2024.03.5 python/3.12

3. Vérifiez qu'il est visible par pip avec

[name@server ~]$ pip list | grep rdkit
rdkit            2024.3.5

et que le module Python que vous avez chargé lui a accès, avec

[name@server ~]$ python -c 'import rdkit'

Si aucune erreur ne survient, le problème devrait être réglé.

[name@server ~]$ python -c 'import rdkit'

Si aucune erreur ne survient, tout va bien.

4. Créez un environnement virtuel et installez les paquets.

Dépannage

Message ModuleNotFoundError: No module named 'rdkit'

Ce message peut survenir si rdkit n’est pas disponible. ModuleNotFoundError: No module named 'rdkit'

Solutions possibles

• Vérifiez quelles versions de Python sont compatibles avec le module RDKit chargé avec module spider rdkit/X.Y.Z. Une fois qu'un module Python compatible est chargé, vérifiez que python -c 'import rdkit' fonctionne.
• Chargez le module avant d'activer votre environnement virtuel; voir Dépendance ci-dessus.

Voir aussi ModuleNotFoundError: No module named 'X'.