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L’installation se fait habituellement dans le répertoire /project du groupe de recherche. Le nom du répertoire source est formé par les deux premiers caractères du nom de la chercheuse ou du chercheur principal (CP), auxquels est ajouté ''glxy''. Par exemple, pour le CP ''davidc'', le nom du répertoire source sera ''daglxy''; le répertoire sera localisé dans <tt>/project/group name/</tt> où ''group name'' est le nom du groupe par défaut pour ce CP (<tt>def-davidc</tt>). Le répertoire principal pour Galaxy contient un ensemble de sous-répertoires qui est quelque peu différent du paquet Galaxy original, soit :
L’installation se fait habituellement dans le répertoire /project du groupe de recherche. Le nom du répertoire source est formé par les deux premiers caractères du nom de la chercheuse ou du chercheur principal (CP), auxquels est ajouté ''glxy''. Par exemple, pour le CP ''davidc'', le nom du répertoire source sera ''daglxy''; le répertoire sera localisé dans <tt>/project/group name/</tt> où ''group name'' est le nom du groupe par défaut pour ce CP (<tt>def-davidc</tt>). Le répertoire principal pour Galaxy contient un ensemble de sous-répertoires qui est quelque peu différent du paquet Galaxy original, soit :


* '''config''': contains all required configuration files to set up and optimize the Galaxy server. Below we explain some basic concepts of some of the configuration files that need to be set up in order to be compatible with our HPC environment, however, we will not cover all concepts.   
* '''config''' : contient tous les fichiers de configuration pour préparer et optimiser le serveur Galaxy. Dans cette page, nous présenterons seulement les principes de base pour notre environnement de calcul haute performance.   
* '''galaxy''': contains the core Galaxy package which is written mostly in Python.  
* '''galaxy''' : ccontient le paquet de base, écrit principalement en Python.  
* '''logs''': contains two files, <code>galaxy.log</code> and <code>server.log</code>.  All messages during startup or shutdown of the server are written in <code>server.log</code> while all messages during the run are written in <code>galaxy.log</code>.
* '''logs''' : contient le fichier <tt>galaxy.log</tt> qui enregistre les messages générés à l’exécution et le fichier <tt>server.log</tt> qui enregistre les messages générés au démarrage et à l’arrêt du serveur.  
* '''plugins''': contains all plugins. In the original Galaxy package, this directory is located in the <code>galaxy</code> directory.  
* '''plugins''' : contient les extensions; dans le paquet Galaxy original, ce répertoire se trouve dans le répertoire <tt>galaxy</tt>.
* '''tmp''': contains all temporary files that Galaxy needs for compiling and installing toolsheds.  
* '''tmp''' : contient les fichiers temporaires pour la compilation et l’installation des outils (Galaxy ToolShed).
* '''venv''': a Python virtual environment directory that contains all Python package dependencies.
* '''venv''' : répertoire de l’environnement virtuel Python qui contient les dépendances pour les paquets Python.
* '''tool-data''': contains data used by tools. See the samples in [https://galaxyproject.org/admin/data-integration data-integration].
* '''tool-data''' : ccontient les données utilisées par les outils; voir les exemples dans[https://galaxyproject.org/admin/data-integration Data Integration for Local Instances].
* '''tool-dependencies''': contains all packages needed for toolsheds. By default, packages in this directory are installed using Anaconda.  
* '''tool-dependencies''' : contient tous les paquets nécessaires aux outils ToolShed; ces paquets sont installés avec Anaconda.  
* '''database''': contains input, output, and error files of all jobs that run on cluster nodes.
* '''database''' : contient les fichiers d’erreurs et les fichiers d’entrée et de sortie pour les tâches exécutées sur les nœuds des grappes.


=== Galaxy files ownership and modification ===
=== Galaxy files ownership and modification ===
Diane27
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56,430

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