QIIME/fr: Difference between revisions
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| |singularity exec qiime2-2019.10.sif qiime tools import ... | | |singularity exec qiime2-2019.10.sif qiime tools import ... |
| }} | | }} |
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| ===Utilisation avec un wheel EasyBuild===
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| Si la solution avec Singularity ne convient pas à vos besoins, Calcul Canada fournit un paquet EasyBuild que vous pouvez utiliser avec la commande <code>eb</code>. Pour installer la version 2019.7, lancez
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| {{Commands
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| |eb --rebuild Miniconda3-4.7.10.eb QIIME2-2019.7.eb
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| }}
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| Le temps d’attente sera long, mais vous pourrez ensuite charger le module qiime/2019.7 avec
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| {{Commands
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| |module load qiime2/2019.7
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| }}
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| Parce que ceci crée tous les paquets requis par QIIME, beaucoup de fichiers seront générés dans votre répertoire <code>home</code>. Comme ceci utilisera presque la moitié de l'espace total qui vous est alloué, nous vous recommandons de supprimer ces fichiers une fois que vos calculs seront terminés. Pour sa part, la solution avec Singularity ne crée qu'un seul gros fichier plutôt que des milliers de petits fichiers et c'est pourquoi elle est recommandée.
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| =Références = | | =Références = |
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| | <div class="mw-translate-fuzzy"> |
| [http://qiime.org/ Site web QIIME]<br> | | [http://qiime.org/ Site web QIIME]<br> |
| [https://easybuild.readthedocs.io/en/latest/ Documentation EasyBuild]<br> | | [https://easybuild.readthedocs.io/en/latest/ Documentation EasyBuild]<br> |
| <!--[https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/getting-started.html Getting started with Conda]<br>--> | | <!--[https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/getting-started.html Getting started with Conda]<br>--> |
| | </div> |
| [[Category:Bioinformatics]] | | [[Category:Bioinformatics]] |
| [[Category:User Installed Software]] | | [[Category:User Installed Software]] |