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* * [[File:Warning sign 16px.png|frameless|warning]] Les versions 2020.0 jusqu'à 2021.5 inclusivement contiennent un bogue quand elles sont utilisées avec des GPU de génération Volta ou plus récentes (V100, T4 et A100) avec l'option <code>-update gpu</code> de <code>mdrun</code> qui aurait pu perturber le calcul viriel et ainsi fausser le raccord de pression. Dans les notes de mise à jour de la version 2021.6 on peut lire :<ref>"Fix missing synchronization in CUDA update kernels" in GROMACS 2021.6 Release Notes [https://manual.gromacs.org/2021.6/release-notes/2021/2021.6.html#fix-missing-synchronization-in-cuda-update-kernels]</ref> <blockquote>>[traduction libre] ''La mise à jour n'est pas activée par défaut sur le GPU et donc l'erreur ne peut se produire que dans les simulations où l'option <tt>-update gpu</tt> a été explicitement sélectionnée; même dans ce cas, l'erreur peut être rare car nous ne l'avons pas observée en pratique dans les tests que nous avons effectués.</blockquote> Vous trouverez plus d'information dans GitLab, au sujet #4393 du projet GROMACS.<ref>Issue #4393 in GROMACS Project on GitLab.com [https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/issues/4393]</ref> | * * [[File:Warning sign 16px.png|frameless|warning]] Les versions 2020.0 jusqu'à 2021.5 inclusivement contiennent un bogue quand elles sont utilisées avec des GPU de génération Volta ou plus récentes (V100, T4 et A100) avec l'option <code>-update gpu</code> de <code>mdrun</code> qui aurait pu perturber le calcul viriel et ainsi fausser le raccord de pression. Dans les notes de mise à jour de la version 2021.6 on peut lire :<ref>"Fix missing synchronization in CUDA update kernels" in GROMACS 2021.6 Release Notes [https://manual.gromacs.org/2021.6/release-notes/2021/2021.6.html#fix-missing-synchronization-in-cuda-update-kernels]</ref> <blockquote>>[traduction libre] ''La mise à jour n'est pas activée par défaut sur le GPU et donc l'erreur ne peut se produire que dans les simulations où l'option <tt>-update gpu</tt> a été explicitement sélectionnée; même dans ce cas, l'erreur peut être rare car nous ne l'avons pas observée en pratique dans les tests que nous avons effectués.</blockquote> Vous trouverez plus d'information dans GitLab, au sujet #4393 du projet GROMACS.<ref>Issue #4393 in GROMACS Project on GitLab.com [https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/issues/4393]</ref> | ||
*Les versions depuis 2020.4 ont été compilées pour [[Standard software environments/fr|l'environnement logiciel standard]] <code>StdEnv/2020</code>. | *Les versions depuis 2020.4 ont été compilées pour [[Standard software environments/fr|l'environnement logiciel standard]] <code>StdEnv/2020</code>. | ||
*Les versions 2018.7 et suivantes ont été compilées avec les compilateurs GCC et la bibliothèque MKL puisqu’ils améliorent légèrement la performance. | |||
*Les versions antérieures ont été compilées avec soit des compilateurs GCC et FFTW, soit avec des compilateurs Intel MKL avec des bibliothèques Open MPI 2.1.1 à partir de l'environnement par défaut, comme indiqué dans le tableau ci-dessus. | *Les versions antérieures ont été compilées avec soit des compilateurs GCC et FFTW, soit avec des compilateurs Intel MKL avec des bibliothèques Open MPI 2.1.1 à partir de l'environnement par défaut, comme indiqué dans le tableau ci-dessus. | ||
*Les versions CPU (non GPU) sont disponibles en simple et double précisions à l'exception de 2019.3 ('''‡'''), où la double précision n'est pas disponible pour AVX512. | *Les versions CPU (non GPU) sont disponibles en simple et double précisions à l'exception de 2019.3 ('''‡'''), où la double précision n'est pas disponible pour AVX512. | ||