BUSCO/fr: Difference between revisions

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 Ceci charge aussi les modules pour Augustus, BLAST+, HMMER et d'autres paquets requis par BUSCO.
-<b>2.</b> CCopiez le fichier de configuration
+<b>2.</b> Copiez le fichier de configuration
 {{Command|cp -v $EBROOTBUSCO/config/config.ini.default $HOME/busco_config.ini}}
 ou
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 {{Command|cp -r $EBROOTAUGUSTUS/config $HOME/augustus_config}}
-<div class="mw-translate-fuzzy">
+<b>5.</b> Vérifiez si tout fonctionne bien.
-<b>2.</b> Créez l'environnement virtuel.
 {{Commands
-|virtualenv busco_env
+|export BUSCO_CONFIG_FILE{{=}}$HOME/busco_config.ini
-|source busco_env/bin/activate
+|export AUGUSTUS_CONFIG_PATH{{=}}$HOME/augustus_config
-}}
+|run_BUSCO.py --in $EBROOTBUSCO/sample_data/target.fa --out TEST --lineage_path $EBROOTBUSCO/sample_data/example --mode genome
-</div>
-<div class="mw-translate-fuzzy">
-<b>3.</b> Installez le wheel et ses dépendances.
-{{Command
-|prompt=(busco_env) $
-|pip install biopython pandas busco --no-index
 }}
-</div>
 La commande <code>run_BUSCO.py</code> devrait être exécutée sous les 60 secondes. Les tâches de production qui nécessitent plus de temps doivent être [[Running jobs/fr|soumises à l'ordonnanceur]].