Galaxy/fr: Difference between revisions
No edit summary |
Replaced content with "== Accéder directement à UseGalaxy Canada ==" |
||
| Line 37: | Line 37: | ||
La plateforme UseGalaxy est fortement recommandée pour le traitement de gros fichiers ou pour des tâches qui nécessitent plusieurs CPU ou GPU. | La plateforme UseGalaxy est fortement recommandée pour le traitement de gros fichiers ou pour des tâches qui nécessitent plusieurs CPU ou GPU. | ||
== Accéder directement à UseGalaxy Canada == | |||
Pour accéder à UseGalaxy Canada, simplement suivre le lien [https://starthere.usegalaxy.ca https://starthere.usegalaxy.ca], puis cliquer sur le bouton de connexion via CILogon et sélectionner votre établissement pour vous authentifier. La plateforme détecte si vous êtes un utilisateur canadien et vous octroie automatiquement une allocation par défaut de 500GB de stockage. | |||
Le site [https://starthere.usegalaxy.ca https://starthere.usegalaxy.ca] fournit toute l’information nécessaire concernant UseGalaxy.ca et Galaxy en général, de même qu’un formulaire si vous avez besoin d’assistance, voulez rapporter un problème, ou encore faire installer de nouveaux outils ou bases de données. | |||
== Demander une instance de Galaxy sur Cedar == | |||
Chaque groupe de recherche peut obtenir une instance Galaxy sur la grappe Cedar. Puisque l’installation demande une configuration particulière, [[Technical support/fr | contactez notre équipe technique]]. | |||
<div class="mw-translate-fuzzy"> | <div class="mw-translate-fuzzy"> | ||
Revision as of 20:52, 4 December 2024
Introduction
Galaxy est une plateforme web open source pour la recherche biomédicale traitant de grandes quantités de données. La plateforme rend la biologie computationnelle plus accessible, sans exiger une grande expérience en programmation ou en administration de systèmes. Conçue au départ pour la recherche en génomique, Galaxy s’adapte aujourd'hui à la plupart des domaines et sert de système de gestion du flux de travail en bio-informatique. Cette liste de tutoriels présente une bonne vue d’ensemble des possibilités qu’offre Galaxy.
Vous avez deux options pour utiliser Galaxy :
- accéder directement à UseGalaxy Canada,
- demander une instance de Galaxy sur Cedar.
Tableau comparatif des options
| UseGalaxy Canada | Instance de Galaxy sur Cedar | |
|---|---|---|
| Serveur | nuages Béluga et Arbutus | Cedar |
| Configuration | aucune configuration nécessaire | vous-même |
| Connaissance préalable de Linux | aucune connaissance préalable | connaissance avancée |
| Gestion/Mises à jour | notre équipe UseGalaxy Canada | vous-même |
| Configuration du serveur | aucune | vous-même |
| Outils préinstallés | synchronisés avec UseGalaxy.eu | outils par défaut (sous-ensemble) |
| Intégration avec Irida | non | oui |
| Génomes de référence | contenus dans CVMFS | gérés par vous-même |
| Quota | 500GB par utilisateur | espace de stockage alloué par concours |
La plateforme UseGalaxy est fortement recommandée pour le traitement de gros fichiers ou pour des tâches qui nécessitent plusieurs CPU ou GPU.
Accéder directement à UseGalaxy Canada
Pour accéder à UseGalaxy Canada, simplement suivre le lien https://starthere.usegalaxy.ca, puis cliquer sur le bouton de connexion via CILogon et sélectionner votre établissement pour vous authentifier. La plateforme détecte si vous êtes un utilisateur canadien et vous octroie automatiquement une allocation par défaut de 500GB de stockage.
Le site https://starthere.usegalaxy.ca fournit toute l’information nécessaire concernant UseGalaxy.ca et Galaxy en général, de même qu’un formulaire si vous avez besoin d’assistance, voulez rapporter un problème, ou encore faire installer de nouveaux outils ou bases de données.
Demander une instance de Galaxy sur Cedar
Chaque groupe de recherche peut obtenir une instance Galaxy sur la grappe Cedar. Puisque l’installation demande une configuration particulière, contactez notre équipe technique.
La première chose à faire est de démarrer le serveur Galaxy. Ce serveur ne doit pas être utilisé sur un nœud de calcul, ni un nœud de connexion de Cedar, mais plutôt sur un serveur dédié appelé « passerelle » (gateway). La passerelle contient un serveur web avec les répertoires /project et /home ainsi que les systèmes de fichiers particuliers à Cedar. Il n'est pas possible de s'y connecter par SSH pour des raisons de sécurité, mais le serveur Galaxy peut être démarré et arrêté via un site web que nous avons conçu. Par ce site, vous pouvez aussi accéder à l’interface web du serveur Galaxy.
Dans https://gateway.cedar.computecanada.ca/, cliquez sur le bouton Galaxy et entrez les identifiants pour votre compte avec l'Alliance. Après l’authentification, le site web de votre gestionnaire de serveur Galaxy sera affiché et vous pourrez utiliser les fonctions de gestion du serveur ou l’interface web Galaxy.
Configuration du serveur Galaxy
La configuration du serveur se fait avec les fichiers du répertoire config. Nous n’expliquons pas ici en détail comment configurer et optimiser Galaxy. Nous vous invitons plutôt à consulter | le site web de Galaxy.
À l’installation, les variables de base sont paramétrées par l’administrateur dans le fichier de configuration galaxy.yml. Vous pouvez modifier les autres fichiers et variables de ce fichier, mais nous recommandons fortement de ne pas modifier les variables de base suivantes :
http:, votre numéro de port unique;database_connection, noms de votre base de données et de votre serveur de base de données;virtualenv, chemin vers un environnement virtuel Python situé sur la passerelle;file_path, new_file_path, tool_config_file, shed_tool_config_file, tool_dependency_dir, tool_data_path, visualization_plugins_directory, job_working_directory, cluster_files_directory, template_cache_path, citation_cache_data_dir, citation_cache_lock_dir, chemins vers les outils, les ToolSheds et les dépendances.
* file_path, new_file_path, tool_config_file, shed_tool_config_file, tool_dependency_dir, tool_data_path, visualization_plugins_directory, job_working_directory, cluster_files_directory, template_cache_path, citation_cache_data_dir, citation_cache_lock_dir, chemins vers les outils, les ToolSheds et les dépendances.
Utiliser les outils
Il y a deux manières d'utiliser les outils dans une instance de Galaxy :
- localement, sur la passerelle où le serveur de Galaxy est installé,
- en soumettant une tâche sur Cedar.
Comme la passerelle a peu de mémoire et ne traite pas les tâches de manière efficace, nous vous demandons de ne pas utiliser les outils Galaxy localement. Soumettez plutôt vos tâches à Cedar.
Accéder directement à UseGalaxy Canada
- In file
galaxy.yml(the main configuration file):http:contains your unique port numberdatabase_connectionis the name of your Galaxy database and your database server.virtualenvis the path to a Python virtual environment in the gateway machinefile_path, new_file_path, tool_config_file, shed_tool_config_file, tool_dependency_dir, tool_data_path, visualization_plugins_directory, job_working_directory, cluster_files_directory, template_cache_path, citation_cache_data_dir, citation_cache_lock_dirare appropriate paths for tools, tool sheds and dependencies.
Other variables and files in this directory can be changed by the user.
Utiliser les outils
Documentation
La documentation de GenAP présente plus de 50 tutoriels et une introduction à Galaxy sur GenAP.
Où analyser les données
Pour accéder à UseGalaxy Canada, simplement suivre le lien https://starthere.usegalaxy.ca, puis cliquer sur le bouton de connexion via CILogon et sélectionner votre établissement pour vous authentifier. La plateforme détecte si vous êtes un utilisateur canadien et vous octroie automatiquement une allocation par défaut de 500GB de stockage.
Le site https://starthere.usegalaxy.ca fournit toute l’information nécessaire concernant UseGalaxy.ca et Galaxy en général, de même qu’un formulaire si vous avez besoin d’assistance, voulez rapporter un problème, ou encore faire installer de nouveaux outils ou bases de données.
L’équipe GenAP a aussi développé des outils pour cellules uniques qui sont intégrés avec les outils de visualisation GenAP.
La communauté de la recherche Galaxy participe activement à la synchronisation des génomes de référence et des fichiers d’index de GenAP avec le site principal usegalaxy.org.