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Gaussian/fr: Difference between revisions
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| Line 16: | Line 16: | ||
Nous pourrons alors vous donner accès à Gaussian. | Nous pourrons alors vous donner accès à Gaussian. | ||
<div class="mw-translate-fuzzy"> | |||
==Utiliser Gaussian sur Graham== | ==Utiliser Gaussian sur Graham== | ||
Les versions g09.e01 et g16.a03 installées sur la nouvelle grappe Graham et sont disponibles via le système de modules. Chargez l'application avec l'une ou l'autre des commandes suivantes : | Les versions g09.e01 et g16.a03 installées sur la nouvelle grappe Graham et sont disponibles via le système de modules. Chargez l'application avec l'une ou l'autre des commandes suivantes : | ||
</div> | |||
{{Command|module load gaussian/g16.a03}} | {{Command|module load gaussian/g16.a03}} | ||
{{Command|module load gaussian/g09.e01}} | {{Command|module load gaussian/g09.e01}} | ||
{{Command|module load gaussian/g03.d01}} | |||
===Soumettre des tâches=== | ===Soumettre des tâches=== | ||
| Line 28: | Line 32: | ||
En plus du fichier d'entrée ''name.com'', vous devez préparer un script décrivant les ressources de calcul pour la tâche; ce script doit être dans le même répertoire que le fichier d'entrée. | En plus du fichier d'entrée ''name.com'', vous devez préparer un script décrivant les ressources de calcul pour la tâche; ce script doit être dans le même répertoire que le fichier d'entrée. | ||
<div class="mw-translate-fuzzy"> | |||
Il y a deux options pour utiliser Gaussian sur Graham : | Il y a deux options pour utiliser Gaussian sur Graham : | ||
*g16 ou g09 pour les tâches régulières | *g16 ou g09 pour les tâches régulières | ||
*G16 ou G09 pour les tâches intensives | *G16 ou G09 pour les tâches intensives | ||
</div> | |||
<div class="mw-translate-fuzzy"> | |||
====g16 (ou g09) pour les tâches régulières==== | ====g16 (ou g09) pour les tâches régulières==== | ||
</div> | |||
Avec cette option, les fichiers d'exécution (.rwf, .inp, .d2e, .int, .skr) sont enregistrés dans votre espace scratch local personnel (/localscratch/username/), sur le nœud de calcul où la tâche est exécutée. Par la suite, l'ordonnanceur supprime les fichiers dans l'espace scratch local; pour en garder la trace, il est recommandé aux utilisateurs de noter le numéro du nœud de calcul. | Avec cette option, les fichiers d'exécution (.rwf, .inp, .d2e, .int, .skr) sont enregistrés dans votre espace scratch local personnel (/localscratch/username/), sur le nœud de calcul où la tâche est exécutée. Par la suite, l'ordonnanceur supprime les fichiers dans l'espace scratch local; pour en garder la trace, il est recommandé aux utilisateurs de noter le numéro du nœud de calcul. | ||
<div class="mw-translate-fuzzy"> | |||
Voici un exemple d'un script avec l'option g16 (changez g16 pour g09 au besoin) : | Voici un exemple d'un script avec l'option g16 (changez g16 pour g09 au besoin) : | ||
</div> | |||
Remarquez que pour assurer la cohérence, les fichiers portent le même nom avec des extensions différentes (name.sh, name.com, name.log). | Remarquez que pour assurer la cohérence, les fichiers portent le même nom avec des extensions différentes (name.sh, name.com, name.log). | ||
| Line 59: | Line 69: | ||
L'option G16 offre une meilleure gestion des fichiers car ils sont tous localisés dans le répertoire /scratch/username/jobid/ pour la tâche; il est aussi plus facile de trouver le fichier .rwf pour exécuter la tâche à un autre moment. | L'option G16 offre une meilleure gestion des fichiers car ils sont tous localisés dans le répertoire /scratch/username/jobid/ pour la tâche; il est aussi plus facile de trouver le fichier .rwf pour exécuter la tâche à un autre moment. | ||
<div class="mw-translate-fuzzy"> | |||
Voici un exemple d'un script avec l'option G16 (changez G16 pour G09 au besoin) : | Voici un exemple d'un script avec l'option G16 (changez G16 pour G09 au besoin) : | ||
</div> | |||
Remarquez que pour assurer la cohérence, les fichiers portent le même nom avec des extensions différentes (name.sh, name.com, name.log). | Remarquez que pour assurer la cohérence, les fichiers portent le même nom avec des extensions différentes (name.sh, name.com, name.log). | ||
| Line 71: | Line 83: | ||
#SBATCH --cpus-per-task=16 # No. of cpus for the job as defined by %nprocs in the name.com file | #SBATCH --cpus-per-task=16 # No. of cpus for the job as defined by %nprocs in the name.com file | ||
module load gaussian/g16.a03 | module load gaussian/g16.a03 | ||
G16 name.com # G16 command, input: name.com, output: name.log by default | |||
}} | }} | ||
====Submit the job==== | |||
sbatch mysub.sh | |||
===Tâches interactives=== | ===Tâches interactives=== | ||
Il est possible d'exécuter une tâche Gaussian interactive sur Graham à des fins de test. Il n'est cependant pas indiqué d'exécuter une tâche Gaussian interactive sur un nœud de connexion. Ouvrez plutôt une session interactive sur un nœud de calcul avec <code>salloc</code> pour une durée d'une heure, avec 8 CPUs et 10Go de mémoire. | Il est possible d'exécuter une tâche Gaussian interactive sur Graham à des fins de test. Il n'est cependant pas indiqué d'exécuter une tâche Gaussian interactive sur un nœud de connexion. Ouvrez plutôt une session interactive sur un nœud de calcul avec <code>salloc</code> pour une durée d'une heure, avec 8 CPUs et 10Go de mémoire. | ||
| Line 88: | Line 103: | ||
|g16 < g16_test2.com >& g16_test2.log & # g16 saves runtime file to /localscratch/yourid/ | |g16 < g16_test2.com >& g16_test2.log & # g16 saves runtime file to /localscratch/yourid/ | ||
}} | }} | ||
===Examples=== | |||
Sample script *.sh and input files can be found on Graham under | |||
/home/jemmyhu/tests/test_Gaussian/ | |||