Gaussian/fr

Gaussian est une application de chimie computationnelle produite par Gaussian, Inc..

Limites de la licence

Gaussian est présentement disponible uniquement sur Graham et certains systèmes installés avant 2016.

Pour utiliser l'application, vous devez accepter certaines conditions. Copiez les énoncés suivants dans un courriel et faites-le parvenir à support@computecanada.ca.

1. Vous ne faites pas partie d'un groupe de recherche qui développe une application concurrente.
2. Vous ne copierez pas Gaussian ni ne rendrez l'application disponible à un tiers.
3. Vous ferez mention comme il se doit de Gaussian Inc. et de Calcul Canada dans toute publication.
4. Vous nous informerez de toute modification aux conditions précitées.

Nous pourrons alors vous donner accès à Gaussian.

Utiliser Gaussian sur Graham

Les versions g16.a03, g09.e01 et g03.d01 sont installées sur la nouvelle grappe Graham et sont disponibles via le système de modules. Chargez l'application avec l'une ou l'autre des commandes suivantes :

[name@server ~]$ module load gaussian/g16.a03

[name@server ~]$ module load gaussian/g09.e01

[name@server ~]$ module load gaussian/g03.d01

Soumettre des tâches

Slurm est l'ordonnanceur de tâches sur Graham; pour des renseignements sur la soumission d'une tâche, consultez Exécuter des tâches.

En plus du fichier d'entrée name.com, vous devez préparer un script décrivant les ressources de calcul pour la tâche; ce script doit être dans le même répertoire que le fichier d'entrée.

Il y a deux options pour utiliser Gaussian  sur Graham :

• g16, g09, g03 pour les tâches régulières
• G16, G09, G03 pour les tâches intensives

g16 (g09 ou G03) pour les tâches régulières

Avec cette option, les fichiers d'exécution (.rwf, .inp, .d2e, .int, .skr) sont enregistrés dans votre espace scratch local personnel (/localscratch/username/), sur le nœud de calcul où la tâche est exécutée. Par la suite, l'ordonnanceur supprime les fichiers dans l'espace scratch local; pour en garder la trace, il est recommandé aux utilisateurs de noter le numéro du nœud de calcul.

Voici un exemple d'un script g16 (pour g09 ou g03, modifiez simplement la ligne pour le chargement du module et changez g16 pour g09 ou g03).

Remarquez que pour assurer la cohérence, les fichiers portent le même nom avec des extensions différentes (name.sh, name.com, name.log).

File : mysub.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --mem=16G             # memory, roughly 2 times %mem defined in the input name.com file
#SBATCH --time=02-00:00       # expect run time (DD-HH:MM)
#SBATCH --cpus-per-task=16    # No. of cpus for the job as defined by %nprocs in the name.com file
module load gaussian/g16.a03
g16 < name.com >& name.log   # g16 command, input: name.com, output: name.log

Le script peut être modifié selon les besoins en ressources de calcul d'une tâche.

G16 (ou G09) pour les tâches intensives

L'espace scratch est d'environ 800Go et est partagé par l'ensemble des tâches en exécution sur le nœud. Si vos fichiers dépassent cette capacité, utilisez cette option pour les enregistrer sur votre espace scratch personnel. Il est cependant difficile de décider si une tâche est ou non intensive puisqu'il est impossible de prévoir combien de tâches sont exécutées sur un nœud à un moment déterminé, combien de tâches demandent l'enregistrement de fichiers et combien d'espace scratch local est requis par ces fichiers. Il est toutefois possible que plusieurs tâches Gaussian soient exécutées sur le même nœud avec environ 800Go d’espace.

L'option G16 offre une meilleure gestion des fichiers car ils sont tous localisés dans le répertoire /scratch/username/jobid/ pour la tâche; il est aussi plus facile de trouver le fichier .rwf pour exécuter la tâche à un autre moment.

Voici un exemple d'un script G16 (pour G09 ou G03, modifiez simplement la ligne pour le chargement du module et changez G16 pour G09 ou G03).

Remarquez que pour assurer la cohérence, les fichiers portent le même nom avec des extensions différentes (name.sh, name.com, name.log).

File : mysub.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --mem=16G             # memory, roughly 2 times %mem defined in the input name.com file
#SBATCH --time=02-00:00       # expect run time (DD-HH:MM)
#SBATCH --cpus-per-task=16    # No. of cpus for the job as defined by %nprocs in the name.com file
module load gaussian/g16.a03
G16 name.com                # G16 command, input: name.com, output: name.log by default

Soumettez la tâche

sbatch mysub.sh

Tâches interactives

Il est possible d'exécuter une tâche Gaussian interactive sur Graham à des fins de test. Il n'est cependant pas indiqué d'exécuter une tâche Gaussian interactive sur un nœud de connexion. Ouvrez plutôt une session interactive sur un nœud de calcul avec salloc pour une durée d'une heure, avec 8 CPUs et 10Go de mémoire.

[name@server ~]$ salloc --time=1:0:0 --cpus-per-task=8 --mem=10g

Puis, utilisez

[name@server ~]$ module load gaussian/g16.a03
[name@server ~]$ G16 g16_test2.com    # G16 saves runtime file (.rwf etc.) to /scratch/yourid/93288/

ou

[name@server ~]$ module load gaussian/g16.a03
[name@server ~]$ g16 < g16_test2.com >& g16_test2.log &   # g16 saves runtime file to /localscratch/yourid/

Examples

Sample script *.sh and input files can be found on Graham under

/home/jemmyhu/tests/test_Gaussian/