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| Line 24: | Line 24: | ||
En plus du fichier d'entrée ''name.com'', vous devez préparer un script décrivant les ressources de calcul pour la tâche; ce script doit être dans le même répertoire que le fichier d'entrée. | En plus du fichier d'entrée ''name.com'', vous devez préparer un script décrivant les ressources de calcul pour la tâche; ce script doit être dans le même répertoire que le fichier d'entrée. | ||
<div class="mw-translate-fuzzy"> | |||
Il y a deux options pour utiliser Gaussian sur Graham : | Il y a deux options pour utiliser Gaussian sur Graham : | ||
*g16, g09, g03 pour les tâches régulières | *g16, g09, g03 pour les tâches régulières | ||
*G16, G09, G03 pour les tâches intensives | *G16, G09, G03 pour les tâches intensives | ||
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<div class="mw-translate-fuzzy"> | |||
====g16 (g09, g03) pour les tâches régulières==== | ====g16 (g09, g03) pour les tâches régulières==== | ||
</div> | |||
<div class="mw-translate-fuzzy"> | |||
Avec cette option, les fichiers d'exécution par défaut (.rwf, .inp, .d2e, .int, .skr) sont enregistrés dans le répertoire local SLURM_TMPDIR (/localscratch/username.jobid.0/), sur le nœud de calcul où la tâche a été exécutée. L'ordonnanceur supprime automatiquement les fichiers du répertoire local SLURM_TMPDIR lorsque la tâche est complétée, qu'elle ait réussi ou échoué. | Avec cette option, les fichiers d'exécution par défaut (.rwf, .inp, .d2e, .int, .skr) sont enregistrés dans le répertoire local SLURM_TMPDIR (/localscratch/username.jobid.0/), sur le nœud de calcul où la tâche a été exécutée. L'ordonnanceur supprime automatiquement les fichiers du répertoire local SLURM_TMPDIR lorsque la tâche est complétée, qu'elle ait réussi ou échoué. | ||
</div> | |||
<div class="mw-translate-fuzzy"> | |||
Voici un exemple d'un script g16 (pour g09 ou g03, modifiez simplement la ligne pour le chargement du module et changez g16 pour g09 ou g03). | Voici un exemple d'un script g16 (pour g09 ou g03, modifiez simplement la ligne pour le chargement du module et changez g16 pour g09 ou g03). | ||
</div> | |||
Remarquez que pour assurer la cohérence, les fichiers portent le même nom avec des extensions différentes (name.sh, name.com, name.log). | Remarquez que pour assurer la cohérence, les fichiers portent le même nom avec des extensions différentes (name.sh, name.com, name.log). | ||
| Line 45: | Line 53: | ||
#SBATCH --cpus-per-task=16 # No. of cpus for the job as defined by %nprocs in the name.com file | #SBATCH --cpus-per-task=16 # No. of cpus for the job as defined by %nprocs in the name.com file | ||
module load gaussian/g16.a03 | module load gaussian/g16.a03 | ||
G16 name.com # <div class="mw-translate-fuzzy"> | |||
g16 command, input: name.com, output: name.log | |||
</div> | |||
}} | }} | ||
<div class="mw-translate-fuzzy"> | |||
Le script peut être modifié selon les besoins en ressources de calcul d'une tâche. | Le script peut être modifié selon les besoins en ressources de calcul d'une tâche. | ||
</div> | |||
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====G16 (G09, G03) pour les tâches intensives==== | ====G16 (G09, G03) pour les tâches intensives==== | ||
</div> | |||
L'espace scratch est d'environ 800Go et est partagé par l'ensemble des tâches en exécution sur le nœud. Si vos fichiers dépassent cette capacité, utilisez cette option pour les enregistrer sur votre espace scratch personnel. Il est cependant difficile de décider si une tâche est ou non intensive puisqu'il est impossible de prévoir combien de tâches sont exécutées sur un nœud à un moment déterminé, combien de tâches demandent l'enregistrement de fichiers et combien d'espace scratch local est requis par ces fichiers. Il est toutefois possible que plusieurs tâches Gaussian soient exécutées sur le même nœud avec environ 800Go d’espace. | <div class="mw-translate-fuzzy"> | ||
L'espace scratch est d'environ 800Go et est partagé par l'ensemble des tâches en exécution sur le nœud. Si vos fichiers dépassent cette capacité, utilisez cette option pour les enregistrer sur votre espace scratch personnel. Il est cependant difficile de décider si une tâche est ou non intensive puisqu'il est impossible de prévoir combien de tâches sont exécutées sur un nœud à un moment déterminé, combien de tâches demandent l'enregistrement de fichiers et combien d'espace scratch local est requis par ces fichiers. Il est toutefois possible que plusieurs tâches Gaussian soient exécutées sur le même nœud avec environ 800Go d’espace. | |||
</div> | |||
<div class="mw-translate-fuzzy"> | |||
L'option G16 offre une meilleure gestion des fichiers car ils sont tous localisés dans le répertoire /scratch/username/jobid/ pour la tâche; il est aussi plus facile de trouver le fichier .rwf pour exécuter la tâche à un autre moment. | L'option G16 offre une meilleure gestion des fichiers car ils sont tous localisés dans le répertoire /scratch/username/jobid/ pour la tâche; il est aussi plus facile de trouver le fichier .rwf pour exécuter la tâche à un autre moment. | ||
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Voici un exemple d'un script G16 (pour G09 ou G03, modifiez simplement la ligne pour le chargement du module et changez G16 pour G09 ou G03). | Voici un exemple d'un script G16 (pour G09 ou G03, modifiez simplement la ligne pour le chargement du module et changez G16 pour G09 ou G03). | ||
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Remarquez que pour assurer la cohérence, les fichiers portent le même nom avec des extensions différentes (name.sh, name.com, name.log). | Remarquez que pour assurer la cohérence, les fichiers portent le même nom avec des extensions différentes (name.sh, name.com, name.log). | ||
| Line 66: | Line 86: | ||
#SBATCH --time=02-00:00 # expect run time (DD-HH:MM) | #SBATCH --time=02-00:00 # expect run time (DD-HH:MM) | ||
#SBATCH --cpus-per-task=16 # No. of cpus for the job as defined by %nprocs in the name.com file | #SBATCH --cpus-per-task=16 # No. of cpus for the job as defined by %nprocs in the name.com file | ||
module load gaussian/g16.a03 | module load gaussian/g16.a03 | ||
g16 < name.com >& name.log # <div class="mw-translate-fuzzy"> | |||
G16 command, input: name.com, output: name.log by default | |||
</div> | |||
}} | }} | ||
====Soumettez la tâche==== | ====Soumettez la tâche==== | ||