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Anaconda/en: Difference between revisions
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'''Attention:''' While Conda works well in a desktop environment, it tends to create more problems than it solves on a cluster. For example, Conda very often installs software (compilers, scientific libraries etc.) which is already available on the Compute Canada clusters in the form of modules but with a far from ideal configuration. With the installation of all of this additional software by Conda, you also risk exceeding the quota on the number of files in your home directory. | <div class="mw-translate-fuzzy"> | ||
'''Attention:''' While Conda works well in a desktop environment, it tends to create more problems than it solves on a cluster. For example, Conda very often installs software (compilers, scientific libraries etc.) which is already available on the Compute Canada clusters in the form of modules but with a far from ideal configuration. With the installation of all of this additional software by Conda, you also risk exceeding the quota on the number of files in your home directory. | |||
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== N'installez pas Anaconda sur nos grappes == | |||
Nous sommes conscients qu'Anaconda est largement utilisé dans plusieurs domaines étudiés par nos utilisateurs (la science des données, l'IA, la bioinformatique, etc). Anaconda est une solution intéressante pour simplifier la gestion de Python et de librairies sur un ordinateur personnel. Cependant, sur une grappe comme celles maintenues par Calcul Canada, la gestion des librairies doit être faite par notre personnel, afin d'assurer une compatibilité et une performance maximales. Voici un liste de raisons: | |||
* Anaconda installe très souvent des logiciels (compilateurs, bibliothèques scientifiques etc.) qui existent déjà sur les grappes de Calcul Canada comme modules, avec une configuration qui n'est pas optimale. | |||
* installe des binaires qui ne sont pas optimisés pour les processeurs de nos grappes. | |||
* fait de mauvaises suppositions sur l'emplacement de bibliothèques. | |||
* s'installe dans le <code>$HOME</code> par défaut, où il place une énorme quantité de fichiers. L'installation d'Anaconda seule peut prendre près de la moitié de votre quota sur le nombre de fichiers dans votre espace personnel. | |||
* est plus lent pour installer des paquets | |||
* modifie <code>$HOME/.bashrc</code>, ce qui peut causer des conflits. | |||
== Comment transitionner de Conda vers Virtualenv == | |||
[[Python#Creating_and_using_a_virtual_environment|Virtualenv]] vous offre toutes les fonctionnalités dont vous avez besoin pour utiliser Python sur nos grappes. Voici comment passer à Virtualenv si vous utilisez Anaconda sur votre ordinateur personnel: | |||
# Listez les dépendances (requirements) de l'application que vous voulez utiliser. | |||
# Trouvez quelles dépendances sont des paquets Python, et lesquelles sont des librairies fournies par Anaconda. Par exemple, CUDA et CuDNN sont des librairies disponible sur l'Anaconda Cloud, mais que vous ne devez pas installer vous-même sur nos grappes. Elles sont déjà installées. | |||
# Retirez de la liste de dépendance tout ce qui n'est pas un paquet Python (par exemple, retirez <code>cudatoolkit</code> et <code>cudnn</code>). | |||
# Utilisez un [[Python#Creating_and_using_a_virtual_environment|virtualenv]], dans lequel vous installerez ces dépendances. | |||
Votre application devrait fonctionner. Si ce n'est pas le cas, n'hésitez pas à contacter notre soutien technique. | |||