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Il est aussi fréquent d'avoir des options --with-... pour paramétrer spécifiquement les fonctionnalités. On recommande généralement de ne pas utiliser ces options et de laisser Autoconf trouver les paramètres automatiquement. Cependant, il est parfois nécessaire de spécifier des paramètres via les options --with-..., par exemple

[name@server ~]$ ./configure --enable-mpi --with-mpi-dir=$MPIDIR