Translations:Nextflow/23/fr

Utilisez les deux profils fournis par nf-core (test our le'ensemble de données de test et singularity pour le conteneur) et le profil que nous venons de créer pour Béluga. Notez que Nextflow est principalement écrit en Java et a tendance à utiliser beaucoup de mémoire virtuelle. Sur Narval, cela ne posera pas de problème, mais avec le nœud de connexion de Béluga, vous devrez modifier la mémoire virtuelle pour exécuter la plupart des flux de travail. Pour définir la limite de mémoire virtuelle à 40Go, utilisez la commande ulimit -v 40000000. Nous suggérons aussi d'utiliser un multiplexeur de terminal, de sorte que le pipeline Nextflow fonctionnera toujours si vous êtes déconnecté, et vous pourrez ensuite vous reconnecter au processus du multiplexeur. Notez que l'exécution de Nextflow est facile sur les nœuds de connexion de Béluga et Narval, mais plus difficile sur Graham et Cedar puisque la limite de mémoire virtuelle des nœuds de connexion ne peut pas être modifiée sur ces grappes; nous vous recommandons de lancer Nextflow à partir d'un nœud de calcul, où la mémoire virtuelle n'est jamais limitée.

nextflow run nf-core-${NFCORE_PL}_${PL_VERSION}/2_3_1/  -profile test,singularity,narval  --outdir ${NFCORE_PL}_OUTPUT

Remarque : Si votre répertoire ~/.aws contient une configuration AWS, Nextflow pourrait vous avertir que l'ensemble de données pour le test du pipeline ne peut pas être téléchargé avec vos identifiants par défaut.