Translations:Nextflow/23/fr

Use the two profiles provided by nf-core—test and singularity-and the profile we have just created for Béluga.

Utilisez les deux profils fournis par nf-core (test et singularity) et le profil que nous venons de créer pour Béluga. Notez que Nextflow est principalement écrit en Java et a tendance à utiliser beaucoup de mémoire virtuelle. Sur Narval, cela ne posera pas de problème, mais avec le nœud de connexion de Béluga, vous devrez modifier la mémoire virtuelle pour exécuter la plupart des flux de travail. Pour définir la limite de mémoire virtuelle à 40Go, utilisez la commande ulimit -v 40000000. Nous suggérons aussi d'utiliser un multiplexeur de terminal, de sorte que le pipeline Nextflow fonctionnera toujours si vous êtes déconnecté, et vous pourrez ensuite vous reconnecter au processus du multiplexeur. Notez que l'exécution de Nextflow est facile sur les nœuds de connexion de Béluga et Naval, mais plus difficile sur Graham et Cedar puisque la limite de mémoire virtuelle des nœuds de connexion ne peut pas être modifiée sur ces grappes; nous vous recommandons de lancer Nextflow à partir d'un nœud de calcul, où la mémoire virtuelle n'est jamais limitée.

nextflow run nf-core-${NFCORE_PL}-${PL_VERSION}/workflow -test de profil,singularité,beluga --outdir ${NFCORE_PL}_OUTPUT

Vous avez maintenant démarré le sous-ordonnanceur Nextflow sur le nœud de connexion. Ce processus envoie les tâches à Slurm lorsqu'elles sont prêtes à être traitées.