Yt

Effectuer un rendu sur une grappe

Pour installer YT dans votre répertoire pour effectuer des rendus avec CPU, lancez les commandes

$ module load python mpi4py
$ virtualenv astro    # install Python tools in your $HOME/astro
$ source ~/astro/bin/activate
$ pip install cython
$ pip install numpy
$ pip install yt

Ensuite, chargez l'environnement et lancez Python.

$ source ~/astro/bin/activate   # load the environment
$ python
...
$ deactivate

Nous supposons que vous avez téléchargé l'ensemble de données Enzo_64 à partir de http://yt-project.org/data. Soumettez d'abord le script grids.py ci-dessous pour obtenir un rendu de l'ensemble de données en 90 images, en rotation sur l'axe vertical

import yt
from numpy import pi
yt.enable_parallelism()   # turn on MPI parallelism via mpi4py
ds = yt.load("Enzo_64/DD0043/data0043")
sc = yt.create_scene(ds, ('gas', 'density'))
cam = sc.camera
cam.resolution = (1024, 1024)   # resolution of each frame
sc.annotate_domain(ds, color=[1, 1, 1, 0.005])   # draw the domain boundary [r,g,b,alpha]
sc.annotate_grids(ds, alpha=0.005)   # draw the grid boundaries
sc.save('frame0000.png', sigma_clip=4)
nspin = 90
for i in cam.iter_rotate(pi, nspin):   # rotate by 180 degrees over nspin frames
    sc.save('frame%04d.png' % (i+1), sigma_clip=4)

et le script yt-mpi.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --time=0:30:00   # walltime in d-hh:mm or hh:mm:ss format
#SBATCH --ntasks=4       # number of MPI processes
#SBATCH --mem-per-cpu=3800
#SBATCH --account=...
source $HOME/astro/bin/activate
srun python grids.py

Soumettez ensuite la tâche avec sbatch yt-mpi.sh. Une fois la tâche terminée, créez un film à 30 images par seconde.

$ ffmpeg -r 30 -i frame%04d.png -c:v libx264 -pix_fmt yuv420p -vf "scale=trunc(iw/2)*2:trunc(ih/2)*2" grids.mp4

Message Passing Interface