Logiciels disponibles

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Le tableau présenté ci-dessous montre la liste des logiciels disponibles sur la plateforme nationale. Cette liste est modifiée à l'ajout de tout nouveau logiciel. Pour demander l'installation ou la mise à jour d'un logiciel ou d'une bibliothèque, communiquez avec le soutien technique. Pour utiliser notre environnement logiciel sur votre propre ordinateur, voyez notre page wiki CVMFS.

Notes

Pour utiliser un logiciel qui n'est pas déjà installé par défaut, vous devez charger le module qui s'applique. Pour plus d'information sur comment utiliser le système de modules Lmod, consultez Utiliser des modules. Prenez note que certains modules prérequis sont chargés par défaut.

Points à retenir à propos des logiciels disponibles

  • La plupart des modules Python ne sont pas installés en tant que modules (Lmod), mais en tant que paquets binaires (wheels) localisés sous /cvmfs/soft.computecanada.ca/custom/python/wheelhouse/; TensorFlow en est un exemple. Voyez la page Python pour des détails sur comment lister les paquets Python et les installer.
  • De même, la plupart des paquets R et Perl ne sont pas installés. Nous vous recommandons de les installer dans votre environnement personnel ou dans celui de votre groupe. Voyez les pages R et Perl pour des détails sur l'installation des paquets.
  • Voyez la page Algèbre symbolique où il est question de SageMath.
  • Notez que Docker n'est pas disponible sur nos grappes, mais que Apptainer peut être utilisé en chargeant le module apptainer. Pour convertir les contenants Docker, consultez la documentation Apptainer.
  • Certains logiciels listés dans le tableau ci-dessous sont sous licence et donc non accessibles directement; vous pouvez en demander l'accès au besoin. En tentant de charger le module d'un tel logiciel, vous recevrez les consignes sur comment en obtenir l'accès.
  • La plupart des paquets listés se trouvent sur toutes nos grappes. Certains cependant ne sont disponibles que sur un site en particulier en raison des restrictions liées à l'octroi des licences; voir Modules disponibles uniquement sur certaines grappes ci-dessous.
  • Les paquets listés sont disponibles dans un ou plusieurs de nos environnements logiciels standards. Dans certains cas peu fréquents, vous devrez charger un environnement logiciel différent pour avoir accès à un paquet en particulier; voyez Environnements logiciels standards.
  • Plusieurs paquets reliés au système d’exploitation comme Autotools, Make et Git ne sont pas installés en tant que modules, mais font partie de l'environnement par défaut; ils ne paraissent pas dans le tableau.

Niagara

La grappe Niagara fait exception; les logiciels disponibles sur cette grappe sont énumérés dans le Guide de démarrage pour Niagara. Vous pouvez toutefois accéder les modules listés ci-dessous en exécutant d'abord les commandes

[name@server ~]$ module load CCEnv
[name@server ~]$ module load StdEnv


Modules disponibles sur toutes les grappes

Le tableau suivant liste les logiciels pour lesquels un module d'environnement est disponible. Certains modules peuvent être chargés avec la commande module load alors que d'autres nécessitent des conditions particulières. Dans la colonne Description, cliquez sur Expand pour connaître les prérequis et lire une description sommaire du logiciel (en anglais). Un lien dans la colonne Documentation conduit à la documentation spécifique sur le logiciel. Pour lister les logiciels selon leur type, effectuez un tri en cliquant sur l'en-tête de la colonne Type.

Les types sont :

  • ai (intelligence artificielle)
  • bio (biologie, bio-informatique)
  • chem (chimie)
  • geo (sciences de la Terre)
  • io (input/output)
  • math (mathématiques)
  • mpi (MPI)
  • phys (physique et génie)
  • tools (langages et bibliothèques)
  • vis (visualisation).
Module Type Versions Description
4ti2 - 1.6.9
abaqus phys 2021 Documentation: Abaqus
abinit chem 9.2.2, 9.6.2, 10.0.3, 10.2.3 Documentation: ABINIT
abricate - 1.0.0
abseil - 20230125.3
abyss bio 2.2.5, 2.3.7
actc - 1.1
admixture bio 1.3.0
adol-c - 2.7.2
adtree - 1.1.2
advisor tools 2020.3
afni bio 20.3.05, 21.2.10, 22.1.12, 23.1.00, 23.1.08, 24.1.03
alevin-fry - 0.8.2
alm - 2.0.0_dev.2
almosthere - 1.0.10
alpscore phys 2.2.0
amber chem 20.12-20.15, 22.5-23.5, 18.14-18.17, 20.9-20.15
ambertools chem 20, 21, 22, 23, 23.5
amos - 3.1.0
ampl-mp - 3.1.0
amrfinderplus - 3.11.18, 3.11.26, 3.12.8
amrplusplus - 2.0-20200114
andi - 0.14
angsd bio 0.933, 0.935, 0.936, 0.939, 0.940
annovar bio 20191024
anserini - 0.9.4
ansys phys 2024R1.03, 2019R3, 2020R2, 2021R1, 2021R2, 2022R1, 2022R2, 2023R1, 2023R2 Documentation: Ansys
ansysedt - 2021R2, 2023R2
ant tools 1.9.15, 1.10.8, 1.10.14
antlr - 2.7.7
ants vis 2.3.2, 2.3.5, 2.4.4, 2.5.0
any2fasta - 0.4.2
apbs chem 1.3
apptainer - 1.1.3, 1.1.5, 1.1.6, 1.1.8, 1.2.4, 1.3.4, 1.3.5
aragorn - 1.2.38, 1.2.41
arcs bio 1.2.1, 1.2.5, 1.2.7
argtable tools 2.13
arioc - 1.43
arks - 1.0.4
armadillo math 9.900.2, 12.6.4
arpack-ng math 3.7.0, 3.8.0, 3.9.0, 3.9.1
arrayfire - 3.7.3, 3.8.2, 3.9.0
arrow tools 0.16.0, 0.17.1, 1.0.0, 2.0.0, 5.0.0, 8.0.0, 9.0.0, 10.0.1, 11.0.0, 12.0.1, 13.0.0, 14.0.0, 14.0.1, 15.0.1, 16.1.0, 17.0.0, 18.1.0
ascp tools 3.5.4
aspect - 2.4.0
assimp - 5.0.0, 5.2.5
astrid - 2.2.1
atat - 3.36
atom chem 4.2.7_2
atomicrex chem 1.0.20181114
atompaw chem 4.1.0.6, 4.2.0.3
augustus bio 3.3.3, 3.4.0, 3.5.0
autodiff - 0.6.0, 0.6.12
autodock-gpu - 1.5.3
autodock_vina chem 1.1.2
bacio - 2.6.0
bamm bio 2.5.0
bamtools bio 2.5.1, 2.5.2
bamutil bio 1.0.14
barracuda - 0.7.107h
barrnap - 0.9
bayesass bio 3.0.4
bayesass3-snps - 1.1
bayescan bio 2.1
baypass bio 2.1, 2.2
bazel tools 3.6.0
bbmap bio 37.78, 38.86, 39.06
bcftools bio 1.9, 1.10.2, 1.11, 1.13, 1.16, 1.18, 1.19
bcl-convert - 4.2.4, 4.2.7
bcl2fastq2 bio 2.20.0
beagle - 5.4-240301
beagle-lib bio 3.1.2, 4.0.0, 4.0.1
beast bio 2.6.3, 2.7.5
bedops - 2.4.39, 2.4.41
bedtools bio 2.29.2, 2.30.0, 2.31.0
beef chem 0.1.1
berkeleygw phys 2.1.0, 3.0.1, 4.0
bgcdist - 1.03
bgen-lib - 1.1.7
bigdft chem 1.8.3, 1.9.5
bio-searchio-hmmer - 1.7.3
bioawk - 1.0
biobloomtools - 2.3.2-20200731
bioperl bio 1.7.7, 1.7.8
biopp - 2.4.1
bismark - 0.22.3, 0.24.1
bison - 3.7.1, 3.8.2
blacs math 1.1
blasr bio 5.3.3
blasr_libcpp bio 5.3.4
blast bio 2.2.26
blast+ bio 2.10.1, 2.11.0, 2.12.0, 2.13.0, 2.14.1 Documentation: BLAST
blat bio 3.5, 3.7
blender vis 2.92.0, 3.6.0, 4.0.2
blis - 0.8.1, 0.9.0, 1.0
blitz++ tools 1.0.2
blosc - 1.17.1, 1.21.3
blosc2 - 2.10.3
bmtagger - 3.101
bolt-lmm bio 2.3.4, 2.4
boltztrap phys 1.2.5
boost tools 1.72.0, 1.76.0, 1.80.0, 1.82.0, 1.85.0
boost-build - 1.80.0
boost-mpi tools 1.72.0, 1.80.0, 1.82.0
bowtie bio 1.3.0
bowtie2 bio 2.4.1, 2.4.2, 2.4.4, 2.5.1, 2.5.2, 2.5.4
bpp - 4.3.8, 4.6.1
bracken - 2.6.0, 2.7, 3.0
breseq - 0.35.2, 0.36.1, 0.38.2
brotli - 1.0.9
brunsli - 0.1
btllib - 1.6.2
bufr - 12.0.1
bufrlib geo 11.3.0.2
bullet - 2.89, 3.24
bustools - 0.40.0
bwa bio 0.7.17, 0.7.18
bwa-mem2 - 2.2.1
bwidget - 1.9.14
cafe5 - 5.1.0
cantera chem 2.5.1, 2.6.0
canu bio 2.0, 2.1.1, 2.2
cap3 bio 20151002
capnproto - 0.7.0, 1.0.2
casacore - 3.6.1
casadi - 3.6.3
casper bio 0.8.2
catch2 - 2.11.0, 3.2.1
ccfits vis 2.5
ccsm geo 4_0_a02
cd-hit bio 4.8.1
cdbfasta - 0.99
cdo geo 1.9.8, 1.9.10, 2.0.4, 2.0.5, 2.2.2
cellranger bio 2.1.0
cellsnp-lite - 1.2.2
centrifuge bio 1.0.4-beta, 1.0.4
cereal - 1.3.0, 1.3.2
ceres-solver - 1.14.0
cesm geo 2.1.3
cfitsio vis 3.41, 3.48, 3.49, 4.1.0, 4.3.0
cfour chem 2.1
cfour-mpi chem 2.1
cgal math 4.14.3, 5.2.4, 5.5.2
cgns phys 3.4.1, 4.1.0, 4.1.2
chapel-ofi - 1.31.0
charm-gems - 1.3.3
chemps2 chem 1.8.9
circos vis 0.69-9
clang tools 9.0.1, 11.0.0, 13.0.1, 17.0.6
clhep math 2.4.1.3, 2.4.4.0, 2.4.6.2, 2.4.7.1
clustal-omega bio 1.2.4
cmake tools 3.18.4, 3.20.1, 3.21.4, 3.22.1, 3.23.1, 3.27.7, 3.31.0
cnvnator bio 0.4.1
code-server - 3.5.0, 3.12.0, 4.92.2
coinmp - 1.8.4
colmap - 3.6
combblas - 1.6.2
comsol phys 5.6, 6.0, 6.0.0.405, 6.1.0.357, 6.2, 6.2.0.415, 6.3
coordgenlibs chem 1.4.2
coretran - 1.0.1
corset bio 1.09
cp2k chem 7.1, 8.2, 9.1
cpmd chem 4.3 Documentation: CPMD
cppzmq - 4.7.1
cpu_features - 0.6.0
cram - 0.7
crest chem 2.11, 2.12, 3.0.1, 3.0.2
cromwell tools 58
csblast - 2.2.4
cslib - 20180813
cst phys 2020
csvtk - 0.23.0
ctffind chem 4.1.14
cuba - 4.2.2
cubegui - 4.4.4
cubelib - 4.4.4
cubewriter - 4.4.3
cubic_interpolation - 0.1.5
cuda tools 10.1, 10.2 Documentation: CUDA
cudnn math 8.0.3, 8.2.0, 8.6.0.163, 8.7.0.84, 8.9.5.29, 9.2.1.18
cufflinks bio 2.2.1
cuquantum - 23.06.1.8, 24.03.0.4
cusparselt - 0.4.0.7, 0.5.0.1, 0.6.1.0
custom-ctypes - 1.1, 1.2
cutensor - 1.5.0.3, 1.7.0.1, 2.0.0.7, 2.0.1.2
cvit - 1.2.1
dakota tools 6.13
dalton chem 2020.0, 2020.1
das_tool - 1.1.6
db - 18.1.32
dcm2niix bio 1.0.20200331, 1.0.20230411
dcmtk - 3.6.7
ddt-cpu tools 20.2, 22.0.1, 23.1.1 Documentation: ARM software
ddt-gpu tools 20.2, 22.0.1, 23.1.1 Documentation: ARM software
dealii math 9.2.0, 9.3.1
deepvariant - 1.8.0
delft3d chem 62441 Documentation: Delft3D
delly - 0.8.5, 1.1.6, 1.1.8
detonate bio 1.11
dftbplus chem 21.1, 21.2, 24.1
dftd3-lib chem 0.10
dftd4 chem 3.3.0, 3.6.0, 3.7.0
diamond bio 0.9.36, 2.0.4, 2.0.9, 2.0.13, 2.0.15, 2.1.6, 2.1.7, 2.1.8
dirac - 21.1, 23.0
dl_monte - 2.07
dl_poly4 chem 4.10.0, 5.1.0
dmalloc tools 5.5.2
dnmtools - 1.4.4
dorado - 0.2.1, 0.2.2, 0.3.0, 0.4.1, 0.4.3, 0.5.3, 0.6.1, 0.7.0, 0.7.2, 0.8.0, 0.8.3
dotnet-core - 3.1.8, 5.0.12, 6.0.0
double-conversion - 3.1.5, 3.2.1
dpc++ - 2022-06, 2022-12
dragmap - 1.3.0
dssp chem 2.3.0, 3.1.4
ecbuild - 3.8.0
eccodes geo 2.15.0, 2.19.0, 2.22.1, 2.25.0, 2.31.0
edirect - 20.9.20231210
eigen math 3.3.7, 3.4.0
eigensoft bio 7.2.1
elastix - 5.0.1
elixir tools 1.13
elmerfem - scc20, 8.4, 9.0
elpa math 2020.05.001, 2023.05.001, 2024.05.001
emboss bio 6.6.0
embree - 2.17.7, 3.11.0, 3.13.5, 4.3.0
energyplus - 9.3.0, 23.2.0
erlangotp tools 23.3, 24.2
esmf geo 8.0.1, 8.2.0, 8.4.0, 8.6.0, 8.7.0
espeak-ng - 1.51
etsf_io io 1.0.4
etsf_io-mpi - 1.0.4
exonerate bio 2.4.0
expat tools 2.2.9, 2.2.10, 2.4.1
faiss - 1.6.5, 1.7.1, 1.7.3, 1.7.4, 1.8.0
fann - 2.2.0
fasta bio 36.3.8h
fastahack - 1.0.0
fastani - 1.32
fastme bio 2.1.6.2
fastp bio 0.20.1, 0.23.1, 0.23.4, 0.24.0
fastq-join - 1.3.1
fastq-multx - 1.4.0
fastq-tools - 0.8
fastq_screen bio 0.11.4
fastqc bio 0.11.9, 0.12.0, 0.12.1
fastsimcoal2 bio 2.6.0.3, 2.7.0.9
fastspar - 1.0.0
fasttree bio 2.1.11 Documentation: FastTree
fasttree-double - 2.1.11 Documentation: FastTree
fastx-toolkit bio 0.0.14
fcl - 0.7.0
fds - 6.7.5, 6.7.6, 6.7.7, 6.7.8, 6.7.9, 6.8.0
febio - 4.7
fermi-lite - 20190320
ferret vis 7.3, 7.6.0
ffmpeg - 4.2.2, 4.3.2
fftw math 3.3.8, 3.3.10
fftw-mpi math 3.3.8, 3.3.9, 3.3.10
filevercmp - 20191210
filtlong bio 0.2.0, 0.2.1
flash - 1.2.11
flashpca - 2.0
flatbuffers - 22.9.24
flexiblas - 3.0.4, 3.2.0, 3.3.1, 3.4.4
flint math 2.7.1, 2.9.0, 3.0.0
fmlrc2 - 0.1.8
fmm3d - 1.0.1, 1.0.4
fmriprep - 23.0.2, 23.1.3
fmt - 5.3.0, 6.2.1, 7.0.3, 9.1.0
fpc tools 3.2.2
fplll - 5.4.5
fraggenescan bio 1.30, 1.31
freebayes bio 1.2.0, 1.3.6, 1.3.7
freesasa - 2.1.0
freesurfer bio 5.3.0, 7.4.1
freexl tools 1.0.5, 2.0.0
fsl bio 6.0.3, 6.0.4, 6.0.7.7
fsom - 20141119, 20151117
g2clib geo 1.6.0, 1.8.0
g2lib geo 3.1.0, 3.4.8
ga tools 5.7.2
gamess-us chem 20210930-R2P1, 2020.2, 20220930-R2, 20230630-R1, 20230930-R2 Documentation: GAMESS-US
gapcloser - 1.12-r6
gate bio 9.3, 9.4
gatk bio 4.1.8.0, 4.1.8.1, 4.2.2.0, 4.2.4.0, 4.2.5.0, 4.4.0.0
gazebo - 11.7.0
gblocks - 0.91b
gcc tools 8.4.0, 9.3.0, 10.2.0, 10.3.0, 11.3.0, 12.3, 13.3
gclust - 355z3
gcta bio 1.26.0, 1.93.2, 1.94.1
gd - 2.71, 2.77
gdal geo 3.0.4, 3.2.3, 3.4.1, 3.5.1, 3.7.2, 3.9.1
gdcm - 2.6.8, 3.0.8
gdrcopy - 2.1, 2.3.1, 2.4.1
geant4 phys 10.06, 10.7.3, 11.1.0, 11.1.2, 11.2.1
geant4-data - 10.7.3, 11.1.0, 11.1.2, 11.2.1
geant4-seq - 11.1.0
geant4-topasmc3.9 - 10.7.3
gem - 5.1.1
gemma bio 0.98.3, 0.98.5
gengetopt - 2.23
genmap - 1.3.0
genometools bio 1.6.1
gentoo - 2020, 2023
geopsy - 3.4.2
geos geo 3.7.3, 3.8.1, 3.9.1, 3.10.2, 3.12.0
gerris - 20131206
gffcompare - 0.12.6
gffread - 0.11.7, 0.12.3
gflags - 2.2.2
gibbs2 - 1.0
ginkgo - 1.6.0
git-annex tools 8.20200810, 10.20221003, 10.20231129
git-lfs - 2.11.0, 3.3.0, 3.4.0
givaro - 4.2.0
glew - 2.1.0, 2.2.0
glfw - 3.3.2, 3.3.8
glimmerhmm - 3.0.4
glimpse - 1.1.1, 2.0.0
glm vis 0.9.9.8
globalarrays - 5.7.2, 5.8
glost tools 0.3.1
glpk math 4.65, 5.0
gmap-gsnap bio 2024-08-20, 2019-09-12, 2020-11-14
gmp - 6.2.0
gmsh phys 4.7.0, 4.10.5, 4.11.1, 4.12.2
gmt geo 6.5.0
gmtk - 1.4.4
gnina - 1.0.1
gnuplot vis 5.2.8, 5.4.2, 5.4.6, 5.4.8
go tools 1.14.1, 1.18.3, 1.21.3
gomc - 2.75a
googlebenchmark - 1.7.1, 1.8.3
googletest tools 1.10.0, 1.13.0, 1.14.0
grace vis 5.99.0
graph-tool - 2.37, 2.45, 2.56
grass geo 7.8.4, 8.2.1
groff - 1.22.4
gromacs chem 2016.6, 2020.4, 2020.6, 2021.2, 2021.4, 2021.6, 2022.2, 2022.3, 2023, 2023.2, 2023.3, 2023.5, 2024.1, 2024.4 Documentation: GROMACS
gromacs-colvars chem 2020.6 Documentation: GROMACS
gromacs-cp2k chem 2022.2 Documentation: GROMACS
gromacs-ls - 2016.3 Documentation: GROMACS
gromacs-plumed chem 2019.6, 2020.7, 2021.2, 2021.4, 2021.6, 2021.7, 2022.3, 2022.6, 2023.5 Documentation: GROMACS
gromacs-ramd chem 2024.1-RAMD-2.1, 2020.5-RAMD-2.0
gromacs-swaxs chem 2021.7-0.5.1 Documentation: GROMACS
gsl math 1.16, 2.6, 2.7
gsl-lite - 0.40.0, 0.41.0
gts - 20121130
gudhi - 3.4.1, 3.7.1
guile tools 2.2.2
gurobi math 9.0.3, 9.1.0, 9.1.2, 9.5.0, 9.5.2, 10.0.1, 10.0.2, 10.0.3, 11.0.0, 11.0.1, 11.0.3, 12.0.0
hal bio 2.2
hapgen2 - 2.2.0
haploview - 4.2
harminv math 1.4.1, 1.4.2
hdf io 4.2.15, 4.2.16
hdf-eos5 - 5.1.16
hdf-fortran - 4.2.15
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paraview-offscreen-gpu vis 5.8.0, 5.9.1, 5.10.0, 5.11.0 Documentation: Visualization
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statistics-r - 0.34
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Module Type Versions Description
4ti2 - 1.6.9
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mctc-lib - 0.3.1
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xmlf90 tools 1.5.4, 1.6.2
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ansysedt - 2021R2, 2023R2
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ddt-gpu tools 20.2, 22.0.1 Documentation: ARM software
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fasttree-double - 2.1.11 Documentation: FastTree
fermi-lite - 20190320
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fftw-mpi math 3.3.8
filevercmp - 20191210
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fsom - 20141119
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gblocks - 0.91b
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gcta bio 1.93.2
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genometools bio 1.6.1
gentoo - 2020, 2023
geos geo 3.8.1, 3.9.1, 3.10.2
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git-lfs - 2.11.0, 3.3.0
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interproscan_data - 5.64-96.0, 5.63-95.0
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itac tools 2021.5.0
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java tools 1.8.0_192, 11.0.16_8, 11.0.2, 13.0.2, 14.0.2, 17.0.2 Documentation: Java
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judy - 1.0.5
julia tools 1.8.1
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libcerf math 1.13
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ls-opt phys 7.0.0
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mafft bio 7.471
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mariadb-connector-c - 3.1.7
mash - 2.3
matio io 1.5.19
matlab tools 2020a, 2020b.4, 2020b.6, 2021a.1, 2021a.5, 2021b.3, 2022a, 2022b.2, 2023a.3 Documentation: MATLAB
maven tools 3.6.3
mcr tools R2022b, R2021b, R2020b Documentation: MATLAB
meta-farm - 1.0.2
metabat bio 2.12.1
metageneannotator - 20080819
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netcdf-mpi io 4.7.4, 4.8.0
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nodejs tools 16.14.0
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nss - 3.51, 3.57
ntl math 11.4.3
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openmpi mpi 4.0.3, 4.1.1
openrefine - 3.4.1
optix - 6.5.0, 7.7.0
orca chem 4.2.1, 5.0.1, 5.0.2 Documentation: ORCA
orthomcl bio 2.0.9
ovito - 3.3.3
p4est math 2.2
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paml bio 4.9j
panther - 14.1
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pear bio 0.9.11
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petsc tools 3.14.1
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pplacer bio 1.1.alpha19
prodigal bio 2.6.3
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protobuf tools 3.12.3, 3.19.4, 3.21.3
pypy tools 5.8.0, 7.3.3
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python-build-bundle - 2022a, 2023a, 2023b
qca geo 2.3.0
qgis geo 3.16.10
qiime2 - 2021.11, 2023.5
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qscintilla tools 2.11.2
qt tools 5.12.8
qt5webkit - 5.212.0-alpha4
qtkeychain - 0.9.1
quantumatk - 2019.12
quantumespresso chem 6.6 Documentation: Quantum ESPRESSO
qwt tools 6.1.4
qwtpolar tools 1.1.1
r tools 4.0.2, 4.1.2, 4.2.1 Documentation: R
racon bio 1.4.13
rapidjson - 1.1.0
re2c - 1.3
reframe - 3.12.0
rmats - 4.1.1, 4.1.2
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rust tools 1.47.0, 1.53.0, 1.59.0, 1.65.0, 1.70.0
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scalapack math 2.1.0
scipy-stack math 2020a, 2020b, 2021a, 2022a, 2023a, 2023b Documentation: Python
sdsl - 2.1.1-20191211
seqan-library - 2.4.0
seqkit - 0.13.2, 0.15.0, 2.3.1
seqlib - 1.2.0
seqtk bio 1.3
shapeit - 2.r904
shrinkwrap - 1.2.0
signalp bio 4.1f
singular - 4.2.1
slepc - 3.14.2
slicer - 4.11.20210226
smithwaterman - 20160702
sniffles - 1.0.12b
snpeff bio 5.0
soci - 4.0.2
spark tools 3.0.0, 3.3.0 Documentation: Apache Spark
sparsehash - 2.0.4
spectra - 0.9.0
spoa - 3.4.0
sqlite - 3.38.5, 3.43.1
sra-toolkit bio 2.10.8, 3.0.0
ssw - 1.1
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starccm-mixed phys 15.04.010, 16.02.008, 16.02.009, 16.04.007, 16.04.012, 16.06.008, 17.02.007, 17.02.008, 17.04.007, 17.04.008, 17.06.007, 17.06.008, 18.02.008, 18.04.008, 18.06.006 Documentation: StarCCM
suitesparse math 5.7.1
supernova bio 2.1.1
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xmlf90 tools 1.5.4
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Module Type Versions Description
abaqus phys 2021 Documentation: Abaqus
actc - 1.1
admixture bio 1.3.0
advisor tools 2020.3
annovar bio 20191024
anserini - 0.9.4
ansys phys 2019R3, 2020R2, 2021R1, 2021R2, 2022R1, 2022R2, 2023R1, 2023R2 Documentation: Ansys
ansysedt - 2021R2, 2023R2
ant tools 1.9.15, 1.10.8
apptainer - 1.1.3, 1.1.5, 1.1.6, 1.1.8, 1.2.4
ascp tools 3.5.4
autodock_vina chem 1.1.2
bbmap bio 38.86
beagle - 5.4
beef chem 0.1.1
bioperl bio 1.7.7, 1.7.8
blast bio 2.2.26
blender vis 3.6.0
blis - 0.8.1
blosc - 1.17.1
boost tools 1.72.0
boost-mpi tools 1.72.0
bustools - 0.40.0
bwa bio 0.7.17
cap3 bio 20151002
catch2 - 2.11.0
ccsm geo 4_0_a02
cellranger bio 2.1.0
cereal - 1.3.0
cesm geo 2.1.3
cgal math 4.14.3, 5.5.2
cmake tools 3.18.4, 3.20.1, 3.21.4, 3.22.1, 3.23.1, 3.27.7
code-server - 3.5.0, 3.12.0
coinmp - 1.8.4
comsol phys 5.6, 6.0.0.405, 6.1.0.357, 6.2
corset bio 1.09
cppzmq - 4.7.1
cromwell tools 58
cst phys 2020
csvtk - 0.23.0
cuba - 4.2.2
cudnn math 8.0.3, 8.2.0, 8.6.0.163, 8.7.0.84, 8.9.5.29
cusparselt - 0.4.0.7
custom-ctypes - 1.1
cutensor - 1.5.0.3, 1.7.0.1
cvit - 1.2.1
dakota tools 6.13
ddt-cpu tools 20.2, 22.0.1 Documentation: ARM software
ddt-gpu tools 20.2, 22.0.1 Documentation: ARM software
delly - 0.8.5
dorado - 0.2.1, 0.2.2, 0.3.0
dotnet-core - 3.1.8, 5.0.12, 6.0.0
double-conversion - 3.1.5
eigen math 3.3.7
elpa math 2020.05.001
embree - 3.11.0
energyplus - 9.3.0, 23.2.0
expat tools 2.2.9, 2.2.10
fastqc bio 0.11.9, 0.12.0
fastsimcoal2 bio 2.6.0.3, 2.7.0.9
filtlong bio 0.2.0
flexiblas - 3.0.4
fmriprep - 23.0.2, 23.1.3
fmt - 5.3.0, 6.2.1, 7.0.3
freesurfer bio 5.3.0
g2clib geo 1.6.0
gatk bio 4.1.8.0, 4.1.8.1, 4.2.2.0, 4.2.4.0, 4.2.5.0
gblocks - 0.91b
gcc tools 8.4.0, 9.3.0, 10.2.0, 10.3.0, 11.3.0
geant4-data - 10.7.3, 11.1.0
gentoo - 2020, 2023
git-annex tools 8.20200810, 10.20221003
git-lfs - 2.11.0, 3.3.0
glfw - 3.3.2
glm vis 0.9.9.8
gnuplot vis 5.2.8
go tools 1.14.1, 1.18.3, 1.21.3
gsl math 2.6
gsl-lite - 0.40.0
gurobi math 9.0.3, 9.1.0, 9.1.2, 9.5.0, 9.5.2, 10.0.1, 10.0.2, 10.0.3, 11.0.0
hapgen2 - 2.2.0
haploview - 4.2
hdf5 io 1.10.6
hdf5-mpi io 1.10.6
hdfview - 2.14
hh-suite bio 3.3.0
hwloc - 2.4.0, 2.7.1
igblast bio 1.17.0, 1.18.0
igv - 2.9.2
imkl math 2020.1.217, 2021.2.0, 2021.4.0, 2022.1.0
impute2 bio 2.3.2
impute5 - 1.1.5
intel tools 2020.1.217, 2021.2.0, 2022.1.0
intel-opencl - 2021.2.0
intelxed - 12.0.1
interproscan bio 5.64-96.0, 5.56-89.0, 5.52-86.0, 5.50-84.0, 5.63-95.0, 5.53-87.0, 5.55-88.0
interproscan_data - 5.63-95.0, 5.64-96.0
ipp tools 2020.1.217
ipykernel - 2020a, 2020b, 2021a, 2022a, 2023a, 2023b
ipython-kernel - 2.7, 3.9, 3.10, 3.11
iq-tree bio 2.0.7
ispc - 1.10.0, 1.13.0, 1.18.0
itac tools 2021.5.0
jasper vis 2.0.16
java tools 1.8.0_192, 11.0.16_8, 11.0.2, 13.0.2, 14.0.2, 17.0.2 Documentation: Java
kma - 1.3.0
ldc - 0.17.6
libcdms - 3.1.2
libcerf math 1.13
libdrs - 3.1.2
libfabric - 1.10.1
libffi - 3.3
libgd vis 2.3.0
libxc chem 4.3.4
lldb - 11.0.0
llvm tools 8.0.1, 9.0.1
ls-opt phys 7.0.0
ls-prepost - 4.8.11, 4.9.9
mariadb-connector-c - 3.1.7
matlab tools 2020a, 2020b.4, 2020b.6, 2021a.1, 2021a.5, 2021b.3, 2022a, 2022b.2, 2023a.3 Documentation: MATLAB
maven tools 3.6.3
mcr tools R2021b, R2020b, R2022b Documentation: MATLAB
meta-farm - 1.0.2
metabat bio 2.12.1
metageneannotator - 20080819
metis math 5.1.0
mii - 1.1.1, 1.1.2
minced - 0.4.2
mixcr bio 4.1.2
mpi4py tools 3.0.3, 3.1.3
nanoflann - 1.3.2
nccl tools 2.7.8, 2.8.4, 2.11.4
netcdf io 4.7.4
netcdf-mpi io 4.7.4
nextflow - 20.10.0, 21.04.3, 21.10.3, 22.04.3, 22.10.6, 22.10.8, 23.04.3
nextstrain.cli - 3.1.0
ninja-phylogenetics - 0.97-cluster_only
nspr - 4.25
nss - 3.51
ntl math 11.4.3
nvhpc tools 20.7, 22.1, 22.7, 23.7
openblas math 0.3.17
opencoarrays - 2.9.2
openexr vis 2.5.2
openfoam phys 8, v2012 Documentation: OpenFOAM
openimageio vis 2.1.17.0
openmpi mpi 4.0.3
openrefine - 3.4.1
openvdb - 7.0.0
openvkl - 0.10.0
optix - 6.5.0, 7.7.0
orthomcl bio 2.0.9
ospray - 1.8.5
ovito - 3.3.3
panther - 14.1
paraview vis 5.8.0 Documentation: Visualization
pcre2 - 10.34
perl tools 5.30.2 Documentation: Perl
picard bio 2.23.3, 2.26.3
pilon bio 1.23, 1.24
plink bio 1.9b_6.21-x86_64, 2.00-10252019-avx2
podman - 4.1.1, 4.5.0
pplacer bio 1.1.alpha19
primme - 3.2
pypy tools 5.8.0, 7.3.3
pytest - 6.1.2, 6.2.5, 7.0.1, 7.4.0
python tools 2.7.18, 3.6.10, 3.7.7, 3.7.9, 3.8.2, 3.8.10, 3.9.6, 3.10.2, 3.11.2, 3.11.5 Documentation: Python
python-build-bundle - 2022a, 2023a, 2023b
qiime2 - 2021.11, 2023.5
qt tools 5.12.8
quantumatk - 2019.12
quantumespresso chem 6.6 Documentation: Quantum ESPRESSO
r tools 4.1.0, 4.2.1 Documentation: R
racon bio 1.4.13
rapidjson - 1.1.0
re2c - 1.3
reframe - 3.12.0
rkcommon - 1.4.2
ruby tools 2.7.1
rust tools 1.47.0, 1.53.0, 1.59.0, 1.65.0, 1.70.0
salmonbeta bio 0.6.0
sambamba bio 0.8.0
samstat - 1.5.1
samtools bio 1.10
sbt tools 1.3.13
scipy-stack math 2020a, 2020b, 2021a, 2022a, 2023a, 2023b Documentation: Python
scotch math 6.0.9
seqan-library - 2.4.0
seqkit - 0.13.2, 0.15.0, 2.3.1
shapeit - 2.r904
shrinkwrap - 1.2.0
signalp bio 4.1f
singular - 4.2.1
slicer - 4.11.20210226
snappy tools 1.1.8
snpeff bio 5.0
spark tools 3.0.0, 3.3.0 Documentation: Apache Spark
spectra - 0.9.0
sqlite - 3.43.1
starccm phys 15.04.010-R8, 16.02.008-R8, 16.02.009-R8, 16.04.007-R8, 16.04.012-R8, 16.06.008-R8, 17.02.007-R8, 17.02.008-R8, 17.04.007-R8, 17.04.008-R8, 17.06.007-R8, 17.06.008-R8, 18.02.008-R8, 18.04.008-R8, 18.06.006-R8 Documentation: StarCCM
starccm-mixed phys 15.04.010, 16.02.008, 16.02.009, 16.04.007, 16.04.012, 16.06.008, 17.02.007, 17.02.008, 17.04.007, 17.04.008, 17.06.007, 17.06.008, 18.02.008, 18.04.008, 18.06.006 Documentation: StarCCM
supernova bio 2.1.1
swi-prolog - 9.0.3
swig - 4.0.1
taxonkit - 0.6.2
tbb tools 2020.2
tbl2asn - 25.8
tensorrt - 8.6.1.6
tmhmm bio 2.0c
transrate bio 1.0.3
trimmomatic bio 0.39
ucx - 1.8.0
udunits tools 2.2.26
unixodbc - 2.3.9
varscan - 2.4.2
visit vis 2.13.3
vtune tools 2020.1, 2022.2
wasp - 3.1.4, 4.0.3
xml-libxml - 2.0205
xmlf90 tools 1.5.4
xtensor - 0.24.2

Modules disponibles uniquement sur certaines grappes

La plupart des applications sont installées dans CVMFS, un système de fichiers qui facilite la gestion du grand nombre des paquets que nous offrons. Cependant, d'autres paquets ne sont installés que dans certains sites, principalement pour des raisons de licence.

Logiciels installés localement
Module Type Documentation Grappe Description
adf/2016.106 chem ADF Graham Amsterdam Density Functional Modeling Suite; recherche en chimie computationnelle
adf/2017.207
adf/2018.104
adf/2019.305
ams/2020.102 chem AMS Graham Amsterdam Modeling Suite
amber/16 chem AMBER Graham ensemble d'applications pour effectuer des simulations en dynamique moléculaire
dirac/16.0 phys Cedar Direct Iterative Relativistic All-electron Calculations; calcule les propriétés moléculaires avec des méthodes de chimie quantique relativiste (site web : http://diracprogram.org)
dirac/17.0
galaxy/20.01 bio Cedar plateforme d'analyse, de gestion et d'archivage des données qui rend la bio-informatique accessible aux chercheurs sans compétences en programmation ou en administration de systèmes. Sur Cedar, chaque groupe peut avoir une instance de Galaxy qui est exécutée dans un compte partagé; ce compte est créé par une ou un administrateur de système. Contactez le soutien technique. (site web : https://usegalaxy.org/)
gaussian/g03.d01 chem Gaussian graham paquet logiciel d'usage général en chimie computationnelle (site web :http://gaussian.com/)
gaussian/g09.e01
gaussian/g16.b01
gaussian/g16.c01
gaussian/g03.d01 chem Gaussian cedar paquet logiciel d'usage général en chimie computationnelle (site web :http://gaussian.com/)
gaussian/g09.b01
gaussian/g09.e01
gaussian/g16.a03
gaussian/g16.b01
gaussian/g16.c01
gbrowse/2.56 bio GBrowse Cedar outil composé d’une base de données combinée à des pages web interactives pour manipuler et visualiser des données génomiques (site web :http://gmod.org/wiki/GBrowse)
sas/9.4 math Cedar suite logicielle développée par le SAS Institute for advanced analytics pour l'analyse multivariée, l'intelligence d'affaires, la gestion des données et l'analyse prédictive. Sur Cedar, une licence de l'Alberta School of Business permet l'utilisation de SAS à quiconque est admissible. (site web :https://www.sas.com/en_ca/home.html0)
x2go/4.0.1.22 vis Cedar application libre Linux pour connecter un ordinateur client à distance X2Go avec le protocole NX. Cedar supporte uniquement IceVM. (site web :https://wiki.x2go.org/doku.php)
TPP/5.1.0 bio Cedar Trans-Proteomic Pipeline (TPP) est une collection d'outils intégrés développée au SPC pour l'analyse de données protéomiques MS/MS. Cedar offre aussi sur demande une interface web TPP (tpp_gui) par groupe.