Gaussian/fr

Voir aussi la page sur les messages d'erreur de Gaussian.

Gaussian est une application de chimie computationnelle produite par Gaussian, Inc.

Limites de la licence

Gaussian est présentement disponible sur Graham, Cedar et certains systèmes installés avant 2016.

Pour utiliser l'application, vous devez accepter certaines conditions. Copiez les énoncés suivants dans un courriel et faites-le parvenir au soutien technique .

1. Je ne fais pas partie d'un groupe de recherche qui développe une application concurrente.
2. Je ne copierai pas Gaussian ni ne rendrai l'application disponible à un tiers.
3. Je ferai mention comme il se doit de Gaussian Inc. et de Calcul Canada dans toute publication.
4. J'informerai Calcul Canada de tout changement concernant les précédentes conditions.

Si vous êtes un utilisateur parrainé par un chercheur principal, celui-ci doit aussi nous avoir fait parvenir une copie des mêmes énoncés.

Nous pourrons alors vous donner accès à Gaussian.

Utiliser Gaussian sur Graham et Cedar

Le module gaussian est installé sur Graham et Cedar. Pour connaître les versions disponibles. utiliser la commande module spider comme suit :

[name@server $] module spider gaussian

Pour les commandes qui s'appliquent aux modules, voir Utiliser des modules.

Soumettre des tâches

Les grappes nationales utilisent l'ordonnanceur Slurm; pour des renseignements sur la soumission d'une tâche, consultez Exécuter des tâches.

En plus du fichier d'entrée name.com, vous devez préparer un script décrivant les ressources de calcul pour la tâche; ce script doit être dans le même répertoire que le fichier d'entrée.

Il y a deux options pour les tâches Gaussian sur Graham et Cedar, selon la localisation des fichiers d'exécution par défaut et la taille de la tâche :

Option 1 : G16 (G09, G03)

Avec cette option, les fichiers d'exécution par défaut (unnamed .rwf, .inp, .d2e, .int, .skr) sont enregistrés dans /scratch/username/jobid/ et demeurent dans ce répertoire si la tâche n'est pas terminée ou si elle a échoué. Le fichier .rwf peut y être récupéré pour redémarrer la tâche plus tard.

Voici un exemple d'un script G16.

Remarquez que pour assurer la cohérence, les fichiers portent le même nom avec des extensions différentes (name.sh, name.com, name.log).

File : mysub.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --mem=16G             # memory, roughly 2 times %mem defined in the input name.com file
#SBATCH --time=02-00:00       # expect run time (DD-HH:MM)
#SBATCH --cpus-per-task=16    # No. of cpus for the job as defined by %nprocs in the name.com file
module load gaussian/g16.c01
G16 name.com            # G16 command, input: name.com, output: name.log

Pour utiliser Gaussian 09 ou Gaussian 03, remplacez gaussian/g16.b01 par gaussian/g09.e01 ou gaussian/g03.d01 et remplacez G16 par G09 ou G03. Modifiez --mem, --time, --cpus-per-task selon vos besoins en ressources de calcul.

Option 2 : g16 (g09, g03)

Avec cette option, les fichiers d'exécution par défaut (unnamed .rwf, .inp, .d2e, .int, .skr) sont enregistrés temporairement dans $SLURM_TMPDIR (/localscratch/username.jobid.0/) dans le nœud de calcul où la tâche devait être exécutée. L'ordonnanceur supprime les fichiers quand la tâche est terminée avec ou sans succès. Vous pouvez utiliser cette option si vous n'aurez pas besoin du fichier .rwf pour redémarrer la tâche plus tard.

/localscratch est d'environ 800Go, partagés par toutes les tâches exécutées sur le même nœud. Si la taille de vos fichiers est semblable ou plus grande, utilisez plutôt l'option G16 (G09, G03).

Voici un exemple d'un script g16.

File : mysub.sh

#!/bin/bash
#SBATCH --mem=16G             # memory, roughly 2 times %mem defined in the input name.com file
#SBATCH --time=02-00:00       # expect run time (DD-HH:MM)
#SBATCH --cpus-per-task=16    # No. of cpus for the job as defined by %nprocs in the name.com file
module load gaussian/g16.c01
g16 < name.com                # g16 command, input: name.com, output: slurm-<jobid>.out by default

Soumettez la tâche

sbatch mysub.sh

Tâches interactives

Il est possible d'exécuter une tâche Gaussian interactive sur Graham et Cedar à des fins de test. Il n'est cependant pas indiqué d'exécuter une tâche Gaussian interactive sur un nœud de connexion. Ouvrez plutôt une session interactive sur un nœud de calcul avec salloc pour une durée d'une heure, avec 8 CPUs et 10Go de mémoire.

[name@server ~]$ salloc --time=1:0:0 --cpus-per-task=8 --mem=10g

Puis, utilisez

[name@server ~]$ module load gaussian/g16.c01
[name@server ~]$ G16 g16_test2.com    # G16 saves runtime file (.rwf etc.) to /scratch/yourid/93288/

ou

[name@server ~]$ module load gaussian/g16.c01
[name@server ~]$ g16 < g16_test2.com >& g16_test2.log &   # g16 saves runtime file to /localscratch/yourid/

Redémarrer une tâche

Une tâche Gaussian peut être redémarrée à partir du fichier rwf précédent.

Comme d'habitude, l'optimisation géométrique peut être redémarrée à partir du ficher chk. Avec le fichier rwf, vous pouvez redémarrer les calculs qui se font en une étape, par exemple les calculs de fréquence analytique incluant des propriétés comme ROA et VCD avec ONIOM; les calculs CCSD et EOM-CCSD; NMR; Polar=OptRot; et les énergies CID, CISD, CCD, QCISD et BD.

Pour redémarrer une tâche à partir du fichier rwf, vous devez connaître l'endroit où se situe ce fichier rwf de la tâche précédente.

Il suffit d'indiquer d'abord le chemin %rwf vers le fichier rwf précédent et modifier la ligne des mots-clés pour qu'elle se lise #p restart, puis laisser une ligne vide à la fin.

Voici un exemple :

File : restart.com

%rwf=/scratch/yourid/jobid/name.rwf
%NoSave
%chk=name.chk
%mem=5000mb
%nprocs=16
#p restart
(one blank line)

Exemples

Un exemple de fichier d'entrée et de scripts *.sh se trouve dans /opt/software/gaussian/version/examples/ où la version est g03.d10, g09.e01, g16.a03 ou g16.c01.

Erreurs

Vous trouverez la solution à plusieurs erreurs dans Gaussian – Messages d’erreur.