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Created page with "<b>10.1.</b> Activez votre environnement virtuel BUSCO. {{Commands |source busco_env/bin/activate }}"
(Created page with "*Assurez-vous de définir la variable d'environnement <code>AUGUSTUS_CONFIG_PATH</code>. {{Command|export AUGUSTUS_CONFIG_PATH{{=}}$HOME/augustus_config}}") |
(Created page with "<b>10.1.</b> Activez votre environnement virtuel BUSCO. {{Commands |source busco_env/bin/activate }}") |
||
| Line 180: | Line 180: | ||
{{Command|export AUGUSTUS_CONFIG_PATH{{=}}$HOME/augustus_config}} | {{Command|export AUGUSTUS_CONFIG_PATH{{=}}$HOME/augustus_config}} | ||
====SEPP | ====Paramètres SEPP ==== | ||
<b>10.</b> | <b>10.</b> Pour utiliser ces paramètres, SEPP doit être installé localement dans votre environnement virtuel, ce que vous devez faire sur un nœud de connexion. | ||
<b>10.1.</b> | <b>10.1.</b> Activez votre environnement virtuel BUSCO. | ||
{{Commands | {{Commands | ||
|source busco_env/bin/activate | |source busco_env/bin/activate | ||
}} | }} | ||
<b>10.2.</b> | <b>10.2.</b> Installez DendroPy. | ||
{{Commands | {{Commands | ||
|pip install 'dendropy<4.6' | |pip install 'dendropy<4.6' | ||
}} | }} | ||
<b>10.3.</b> | <b>10.3.</b> Installez SEPP. | ||
{{Commands | {{Commands | ||
|git clone https://github.com/smirarab/sepp.git | |git clone https://github.com/smirarab/sepp.git | ||