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Pour modifier les permissions associées à un fichier ou à un répertoire, utilisez la commande <tt>chmod</tt> suivie de la catégorie d'utilisateur puis du signe plus (+) ou moins (-) pour soit allouer ou retirer la permission, et enfin, la nature de la permission, soit  lire (<tt>r</tt>) pour ''read'', écrire (<tt>w</tt>) pour ''write'' ou exécuter (<tt>x</tt>) pour ''execute''. Les catégories d'utilisateur sont <tt>u</tt> (''user'') pour le propriétaire, <tt>g</tt> pour le groupe et  <tt>o</tt> (''others'') pour tous les autres utilisateurs de la grappe. Ainsi, la commande  

accorde la permission de lecture à tous les membres du groupe auquel appartient le fichier file.txt, alors que la commande  

{{Commande|chmod o-x script.py}}

retire la permission d'exécuter le fichier script.py à tous, à l'exception du propriétaire et du groupe. On utilise la catégorie d'utilisateur <tt>a</tt> pour signifier tous (''all''); ainsi  

indique que tous les utilisateurs de la grappe peuvent lire le fichier file.txt.