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Niagara Quickstart/fr: Difference between revisions
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= Se connecter = | = Se connecter = | ||
L'accès à Niagara se fait uniquement par SSH (''Secure Shell''). | <div class="mw-translate-fuzzy"> | ||
L'accès à Niagara se fait uniquement par SSH (''Secure Shell''). | |||
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Pour accéder à Niagara, ouvrez d'abord une fenêtre de terminal (par exemple avec [[Connecting with PuTTY/fr|PuTTY]] sous Windows ou [[Connecting with MobaXTerm/fr|MobaXTerm]]), puis connectez-vous avec SSH aux nœuds de connexion avec les coordonnées de votre compte Calcul Canada. | Pour accéder à Niagara, ouvrez d'abord une fenêtre de terminal (par exemple avec [[Connecting with PuTTY/fr|PuTTY]] sous Windows ou [[Connecting with MobaXTerm/fr|MobaXTerm]]), puis connectez-vous avec SSH aux nœuds de connexion avec les coordonnées de votre compte Calcul Canada. | ||
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<source lang="bash"> | <source lang="bash"> | ||
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== Utilisateurs de GPC existants == | == Utilisateurs de GPC existants == | ||
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Niagara remplace les grappes de SciNet | Niagara remplace les grappes de SciNet | ||
*TCS (''Tightly Coupled Cluster''), hors service depuis l'automne 2017; | *TCS (''Tightly Coupled Cluster''), hors service depuis l'automne 2017; | ||
*GPC (''General Purpose Cluster'') dont les nœuds de calcul ne seront plus disponibles à compter du 21 avril 2018 et l'espace de stockage à compter du 9 mai 2018. | *GPC (''General Purpose Cluster'') dont les nœuds de calcul ne seront plus disponibles à compter du 21 avril 2018 et l'espace de stockage à compter du 9 mai 2018. | ||
</div> | |||
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Les utilisateurs actifs de GPC ont accès à Niagara depuis le 9 avril 2018. | Les utilisateurs actifs de GPC ont accès à Niagara depuis le 9 avril 2018. | ||
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Les répertoires ''home'' et ''project'' ont été migrés de GPC à Niagara le 5 avril 2018, à l'exception des fichiers commençant par un point et qui se trouvaient dans les répertoires ''home''; ces fichiers n'ont jamais été synchronisés. | Les répertoires ''home'' et ''project'' ont été migrés de GPC à Niagara le 5 avril 2018, à l'exception des fichiers commençant par un point et qui se trouvaient dans les répertoires ''home''; ces fichiers n'ont jamais été synchronisés. | ||
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Après le 5 avril 2018, la responsabilité de migrer les données de GPC revient à l'utilisateur. | Après le 5 avril 2018, la responsabilité de migrer les données de GPC revient à l'utilisateur. | ||
</div> | |||
Les données dans les répertoires ''scratch'' n'ont pas été transférées automatiquement. Ces données sont temporaires et les utilisateurs doivent nettoyer leur espace scratch et transférer les données à conserver via les nœuds de copie. | Les données dans les répertoires ''scratch'' n'ont pas été transférées automatiquement. Ces données sont temporaires et les utilisateurs doivent nettoyer leur espace scratch et transférer les données à conserver via les nœuds de copie. | ||
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Jusqu'au 9 mai 2018, vous aurez accès à Niagara et au stockage sur GPC pour effectuer les copies. | Jusqu'au 9 mai 2018, vous aurez accès à Niagara et au stockage sur GPC pour effectuer les copies. | ||
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Si vos données totalisent 10Go et plus, utilisez les nœuds de copie <tt>gpc-logindm01</tt> et <tt>gpc-logindm02</tt> de GPC et <tt>nia-dm1</tt> et <tt>nia-dm2</tt> de Niagara. Par exemple, pour copier le répertoire <code>abc</code> de votre espace ''scratch'' GPC à votre espace ''scratch'' Niagara ː | Si vos données totalisent 10Go et plus, utilisez les nœuds de copie <tt>gpc-logindm01</tt> et <tt>gpc-logindm02</tt> de GPC et <tt>nia-dm1</tt> et <tt>nia-dm2</tt> de Niagara. Par exemple, pour copier le répertoire <code>abc</code> de votre espace ''scratch'' GPC à votre espace ''scratch'' Niagara ː | ||
<source> | <source> | ||
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</source> | </source> | ||
N'oubliez pas la barre oblique inversée (\) devant la première occurrence de <tt>$SCRATCH</tt> pour que soit utilisée la valeur de scratch sur le nœud à distance (ici, gpc-logindm01). Notez que gpc-logindm01 vous demandera votre mot de passe SciNet. | N'oubliez pas la barre oblique inversée (\) devant la première occurrence de <tt>$SCRATCH</tt> pour que soit utilisée la valeur de scratch sur le nœud à distance (ici, gpc-logindm01). Notez que gpc-logindm01 vous demandera votre mot de passe SciNet. | ||
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Vous pouvez aussi procéder à l'inverse, soit | Vous pouvez aussi procéder à l'inverse, soit | ||
<source> | <source> | ||
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</source> | </source> | ||
Cette fois-ci, la barre oblique inversée est devant la deuxième occurrence de <tt>$SCRATCH</tt>. | Cette fois-ci, la barre oblique inversée est devant la deuxième occurrence de <tt>$SCRATCH</tt>. | ||
</div> | |||
Si vous utilisez <tt>rsync</tt>, nous vous recommandons de ne pas utiliser les indicateurs <tt>-a</tt>; avec <tt>cp</tt>, n'utilisez pas les indicateurs <tt>-a</tt> et <tt>-p</tt>. | Si vous utilisez <tt>rsync</tt>, nous vous recommandons de ne pas utiliser les indicateurs <tt>-a</tt>; avec <tt>cp</tt>, n'utilisez pas les indicateurs <tt>-a</tt> et <tt>-p</tt>. | ||
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== Autres utilisateurs == | == Autres utilisateurs == | ||
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Les comptes sont déjà créés pour les nouveaux utilisateurs de SciNet qui ont des ressources allouées par le concours de 2018; ils peuvent se connecter. | Les comptes sont déjà créés pour les nouveaux utilisateurs de SciNet qui ont des ressources allouées par le concours de 2018; ils peuvent se connecter. | ||
</div> | |||
Pour les utilisateurs qui n'ont pas de ressources allouées par le concours de 2018, la procédure d'accès n'est pas encore disponible. Entretemps, vous pouvez demander un compte SciNet via [https://ccdb.computecanada.ca/me/facilities CCDB]. | Pour les utilisateurs qui n'ont pas de ressources allouées par le concours de 2018, la procédure d'accès n'est pas encore disponible. Entretemps, vous pouvez demander un compte SciNet via [https://ccdb.computecanada.ca/me/facilities CCDB]. | ||
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'''''IMPORTANT : Mesure préventive ''''' | '''''IMPORTANT : Mesure préventive ''''' | ||
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Puisque les chemins risquent de changer, utilisez plutôt les variables d'environnement (HOME, SCRATCH, PROJECT). | Puisque les chemins risquent de changer, utilisez plutôt les variables d'environnement (HOME, SCRATCH, PROJECT). | ||
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= Stockage = | = Stockage = | ||
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{| class="wikitable" | {| class="wikitable" | ||
! | ! | ||
| Line 146: | Line 165: | ||
| ? | | ? | ||
|} | |} | ||
</div> | |||
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<ul> | <ul> | ||
<li>Les nœuds de calcul n'offrent pas d'espace de stockage.</li> | <li>Les nœuds de calcul n'offrent pas d'espace de stockage.</li> | ||
| Line 152: | Line 173: | ||
<li>La sauvegarde est un instantané (''snapshot'') récent et non une copie archivée de toutes les données ayant existé.</li> | <li>La sauvegarde est un instantané (''snapshot'') récent et non une copie archivée de toutes les données ayant existé.</li> | ||
<li><p><code>$BBUFFER</code> (''Burst Buffer'') est une fonctionnalité sur laquelle nous travaillons; il s'agit d'un ... de stockage parallèle plus rapide pour les données temporaires.</p></li></ul> | <li><p><code>$BBUFFER</code> (''Burst Buffer'') est une fonctionnalité sur laquelle nous travaillons; il s'agit d'un ... de stockage parallèle plus rapide pour les données temporaires.</p></li></ul> | ||
</div> | |||
== Déplacer des données == | == Déplacer des données == | ||
<div class="mw-translate-fuzzy"> | |||
La méthode de déplacement à partir de ou en direction de Niagara dépend de la quantité de données à déplacer. | La méthode de déplacement à partir de ou en direction de Niagara dépend de la quantité de données à déplacer. | ||
</div> | |||
*To move | *To move less than 10GB, use login nodes, which are the only ones visible from outside Niagara. Transfers done in this way will time out if data is larger than about 10GB. | ||
*To move | *To move more than 10GB, use datamover nodes, which are not reachable from the outside. To do so, from a Niagara login node, first ssh into <code>nia-dm1</code> or <code>nia-dm2</code> and initiate transfer from the datamovers. The other side of the transfer (e.g. your machine) must be reachable from the outside. | ||
If you | If you often move data, consider using [[Globus]], a web-based tool for data transfer. | ||
You may also want to move data to [https://wiki.scinet.utoronto.ca/wiki/index.php/HPSS HPSS/Archive/Nearline], but this functionality will be implemented later. Storage space on HPSS is allocated through the annual [https://www.computecanada.ca/research-portal/accessing-resources/resource-allocation-competitions Compute Canada RAC allocation]. | You may also want to move data to [https://wiki.scinet.utoronto.ca/wiki/index.php/HPSS HPSS/Archive/Nearline], but this functionality will be implemented at a later date. Storage space on HPSS is allocated through the annual [https://www.computecanada.ca/research-portal/accessing-resources/resource-allocation-competitions Compute Canada RAC allocation]. | ||
<div class="mw-translate-fuzzy"> | <div class="mw-translate-fuzzy"> | ||
| Line 210: | Line 233: | ||
<li><p>The same [[Modules|software stack available on Compute Canada's General Purpose clusters]] [https://docs.computecanada.ca/wiki/Graham Graham] and [https://docs.computecanada.ca/wiki/Cedar Cedar], compiled (for now) for a previous generation of CPUs:</p> | <li><p>The same [[Modules|software stack available on Compute Canada's General Purpose clusters]] [https://docs.computecanada.ca/wiki/Graham Graham] and [https://docs.computecanada.ca/wiki/Cedar Cedar], compiled (for now) for a previous generation of CPUs:</p> | ||
<source lang="bash">module load CCEnv</source> | <source lang="bash">module load CCEnv</source> | ||
<p>If you want the same default modules loaded | <p>If you want the same default modules as those loaded on Cedar and Graham, also run <code>module load StdEnv</code>.</p></li></ol> | ||
Note: the <code>*Env</code> modules are '''''sticky'''''; remove them by <code>--force</code>. | Note: the <code>*Env</code> modules are '''''sticky'''''; remove them by <code>--force</code>. | ||
| Line 234: | Line 257: | ||
== Module spider == | == Module spider == | ||
Oddly named, the module subcommand spider is the search-and- | Oddly named, the module subcommand spider is the search-and-advise facility for modules. | ||
Suppose one wanted to load the openmpi module. Upon trying to load the module, one may get the following message: | Suppose one wanted to load the openmpi module. Upon trying to load the module, one may get the following message: | ||
| Line 282: | Line 305: | ||
= Running commercial software = | = Running commercial software = | ||
* | * You may have to provide your own license. | ||
* SciNet and Compute Canada have an extremely large and broad user base of thousands of users, so we cannot provide licenses for everyone's favorite software. | * SciNet and Compute Canada have an extremely large and broad user base of thousands of users, so we cannot provide licenses for everyone's favorite software. | ||
* Thus, the only commercial software installed on Niagara is software that can benefit everyone: | * Thus, the only commercial software installed on Niagara is software that can benefit everyone: compilers, math libraries and debuggers. | ||
* That means no Matlab, Gaussian, IDL, | * That means no Matlab, Gaussian, IDL, | ||
* Open source alternatives like Octave, Python, R are available. | * Open source alternatives like Octave, Python, R are available. | ||