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5 May 2024
1 May 2024
5 February 2024
1 February 2024
14 December 2023
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Created page with "<b>10.5.</b> Puisque SEPP est installé localement, vous ne pouvez pas utiliser le script ci-dessus pour créer votre environnement virtuel. Pour activer votre environnement virtuel, ajoutez la commande suivante sur la ligne qui suit la commande de chargement du module. {{Commands |source ~/busco_env/bin/activate }}"
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Created page with "<b>10.3.</b> Installez SEPP. {{Commands |git clone https://github.com/smirarab/sepp.git |cd sepp |python setup.py config |python setup.py install }}"
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Created page with "<b>10.1.</b> Activez votre environnement virtuel BUSCO. {{Commands |source busco_env/bin/activate }}"
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Created page with "*Assurez-vous de définir la variable d'environnement <code>AUGUSTUS_CONFIG_PATH</code>. {{Command|export AUGUSTUS_CONFIG_PATH{{=}}$HOME/augustus_config}}"
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Created page with "*Copiez le répertoire <i>config</i> d'Augustus à un endroit où la lecture est possible. {{Command|cp -r $EBROOTAUGUSTUS/config $HOME/augustus_config}}"
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Created page with "====Paramètres Augustus ==== <b>9.</b> Si vous avez plus d'expérience, vous pouvez utiliser les paramètres Argutus : <code>--augustus_parameters="--yourAugustusParameter"</code>."
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Created page with "{{Warning |title=Cette section est obsolète. |content=Nous travaillons sur sa mise à jour. }}"
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Created page with "Vous pouvez soumettre le script suivant avec <code>sbatch run_busco.sh</code>."
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Created page with "Utilisez <code>--in genome/</code> pour analyser un seul fichier"
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Created page with "Utilisez <code>--in genome.fna</code> pour analyser un seul fichier."
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Created page with "Pour plusieurs génomes, le répertoire genome/ doit se trouver dans le répertoire courant, autrement il faut donner le chemin complet :"
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Created page with "Pour un seul génome :"
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Replaced content with "<b>8.</b> Exécution."
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Created page with "Tous les fichiers doivent être décompressés avec <code>tar -xvf file.tar.gz</code>. {{Commands |mkdir -p busco_downloads/lineages |cd busco_downloads/lineages |wget https://busco-data.ezlab.org/v5/data/lineages/bacteria_odb10.2020-03-06.tar.gz |tar -xvf bacteria_odb10.2020-03-06.tar.gz }}"
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Created page with "Tous les fichiers de lignées se trouveront alors dans <b>busco_downloads/lineages/</b>. La présence de <code>--download_path busco_downloads/</code> dans la ligne de commande BUSCO indiquera où trouver l’argument <code>--lineage_dataset bacteria_odb10</code> pour l'ensemble de données. Si <i>busco_download</i> n’est pas votre répertoire de travail, il faudra fournir le chemin complet."
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Created page with "::* information/"
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Created page with "Il est aussi possible de télécharger plusieurs ensembles de données en une opération en ajoutant les arguments <code>all</code>, <code>prokaryota</code>, <code>eukaryota</code> ou <code>virus</code>, par exemple"
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Created page with "===== <b>6.1</b> Téléchargement avec la commande <code>busco</code> ===== Cette option est recommandée. Entrez la commande suivante dans votre répertoire de travail pour télécharger l’ensemble de données, par exemple {{Commands |busco --download bacteria_odb10 }}"
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Created page with "Vous pouvez utiliser l'une des deux commandes suivantes : *<code>busco</code> *<code>wget</code>"
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Created page with "Pour connaître les ensembles de données disponibles, entrez <code>busco --list-datasets</code> dans votre terminal."
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Created page with "<b>3.</b> Installez le wheel et ses dépendances. {{Command |prompt=(busco_env) $ |pip install biopython pandas busco --no-index }}"
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